《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号） 附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》：
下列项目免征增值税
（七）医疗机构提供的医疗服务。
医疗机构，是指依据国务院《医疗机构管理条例》（国务院令第149号）及卫生部《医疗机构管理条例实施细则》（卫生部令第35号）的规定， 经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构 ，以及军队、武警部队各级各类医疗机构。具体包括:各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心，各级政府及有关部门举办的卫生防疫站(疾病控制中心)、各种专科疾病防治站(所)，各级政府举办的妇幼保健所(站)、母婴保健机构、儿童保健机构，各级政府举办的血站(血液中心)等医疗机构。
本项所称的医疗服务，是指医疗机构按照不高于地（市）级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格（包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等）为就医者提供 《全国医疗服务价格项目规范》 所列的各项服务，以及医疗机构向 社会 提供卫生防疫、卫生检疫的服务。
依据以上税法规定，医疗美容医院提供医疗美容服务，应该按照医疗服务，适用6%税率征收增值税。只有 经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构， 按照不高于地（市）级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格为就医者提供 《全国医疗服务价格项目规范》 所列的服务的，才能享受增值税免税优惠政策。
《西部地区鼓励类产业目录（2020年本）》，“二、西部地区新增鼓励类产业”中，将“医疗机构经营”纳入西部大开发股利类产业，享受15%企业所得税优惠税率。
依据《财政部 税务总局关于实施小微企业普惠性税收减免政策的通知》（财税〔2019〕13号）：
对小型微利企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税;对年应纳税所得额超过100万元但不超过300万元的部分，减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
上述小型微利企业是指从事国家非限制和禁止行业，且同时符合年度应纳税所得额不超过300万元、从业人数不超过300人、资产总额不超过5000万元等三个条件的企业。
医学美容医院提供的医美服务分为手术类医疗美容和非手术类医疗美容。同时，普遍存在化妆品、面膜等销售行为以及美容等非医疗服务行为。存在未如实申报增值税应税项目的收入的问题。
依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》 财税〔2016〕36号附件3第一条第（七）款的规定，医疗机构提供的医疗服务享受免征增值税优惠政策。对于针对个别客户少量零星的化妆品销售行为及非医疗服务，应依法缴纳增值税。
在中小型医疗美容机构中较多存在通过私账隐匿部分收入不申报纳税的情形。
一些医疗美容机构可能存在将员工部分工资薪金通过私账发放，少代扣代缴个人所得税，员工少申报缴纳个人所得税的问题。
医疗美容公司通常会购买礼品赠送客户，存在未视同销售纳税的问题。
医疗美容医院的毛利较高，从某上市公司披露的2021年度营业收入、营业成本数据来看，该上市公司旗下有三大医美品牌，28家医疗机构，近三年销售收入实现大幅增长。以2021年为例，三大品牌实现销售收入111992.62万元，同比增长37.84%。该集团2021年度医疗美容行业的毛利率为51.83%。其中，手术类医疗美容毛利率61.37%；非手术类医疗美容毛利率48.51%。
医疗美容行业的高毛利背景下，可能会存在成本费用不实的问题。如将向银行借款转借给其他企业，但担保费、利息支出在本公司扣除；取得与生产经营无关的发票入账在企业所得税前扣除的情况。
例如在无实际业务的情况下取得大额咨询业发票税前扣除。甚至取得虚开平台开具的虚开发票税前扣除的问题。
医疗美容机构签订购销合同、借款合同、租赁合同，产权转移数据等可能存在未及时足额申报缴纳印花税的问题。
医疗美容行业因其高成长性和高收益性，日渐成为资本市场的宠儿，股权交易和结构调整较为频繁，其中的股权相关税收问题伴随期间。
医药、医疗器械企业常见的法律问题有哪些？产品质量的法律风险
根据《产品质量法》第四条 生产者、销售者依照本法规定承担产品质量责任。
第四十三条 因产品存在缺陷造成人身、他人财产损害的，受害人可以向产品的生产者要求赔偿，也可以向产品的销售者要求赔偿。属于产品的生产者的责任，产品的销售者赔偿的，产品的销售者有权向产品的生产者追偿。属于产品的销售者的责任，产品的生产者赔偿的，产品的生产者有权向产品的销售者追偿。
经营管理中的法律风险
l根据《反不正当竞争法》第八条 经营者不得采用财物或者其他手段进行贿赂以销售或者购买商品。在帐外暗中给予对方单位或者个人回扣的，以行贿论处；对方单位或者个人在帐外暗中收受回扣的，以受贿论处。
第二十二条 经营者采用财物或者其他手段进行贿赂以销售或者购买商品，构成犯罪的，依法追究刑事责任；不构成犯罪的，监督检查部门可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款，有违法所得的，予以没收。
投标者不得串通投标，抬高标价或者压低标价。投标者和招标者不得相互勾结，以排挤竞争对手的公平竞争。
第二十七条 投标者串通投标，抬高标价或者压低标价；投标者和招标者相互勾结，以排挤竞争对手的公平竞争的，其中标无效。监督检查部门可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。
财务问题的法律风险 医疗器械行业的特点是资本投入大，回款周期长。医疗器械经营企业往往一方面承受着生产厂家业绩的压力，无条件地下单、订货，一方面因为医院的管理体制，无法及时取得货款。所以，经营企业资金压力特别大，不得不通过贷款或融资来缓解资金压力。贷款或融资一是增加了企业的运营成本，二是增加了法律诉讼的风险。
税务方面的法律风险 随着国家税务机关对于高收入行业稽查力度的加强，医疗器械行业也成为税务机关的重点监控对象。一方面，国家鼓励新兴行业的快速发展提供税收优惠政策，一方面，国家对于避税、逃税行为进行严厉打击。
医疗器械公司法人风险
《民法通则》第49条有规定： 企业法人有下列情形之一的，除法人承担责任外，对法定代表人可以给予行政处分、罚款，构成犯罪的，依法追究刑事责任：
(一)超出登记机关核准登记的经营范围从事非法经营的;
(二)向登记机关、税务机关隐瞒真实情况、弄虚作假的;
(三)抽逃资金、隐匿财产逃避债务的;
(四)解散、被撤销、被宣告破产后，擅自处理财产的;
(五)变更、终止时不及时申请办理登记和公告，使利害关系人遭受重大损失的;
(六)从事法律禁止的其他活动，损害国家利益或者社会公共利益的。
委托生产的法律风险
针对委托方，委托不具备本条例规定条件的企业生产医疗器械，或者未对受托方的生产行为进行管理的，按照新《条例》第六十六条第（五）项规定处罚。
针对受托方，第二类、第三类医疗器械委托生产终止后，受托方继续生产受托产品的，按照新《条例》第六十三条的规定处罚。
针对委托双方，未办理委托生产备案手续的，按照新《条例》第六十九条第一款第（四）项规定处罚。
综合法律风险
合同纠纷
人事劳动纠纷
老板必须知道的企业15大税务风险老板必须知道的企业十五大税务风险
内部借款
内部借款是指股东向公司借钱，股东向公司借款有可能涉嫌抽逃注册资本也可能涉嫌“视同分红”（股东借款超过一个纳税年度未归）从而导致需要缴纳个人所得税，这个对企业来说是不小的风险。
账外资金回流
把钱借给企业会被怀疑账外资金回流，比如一个做服装生意的老板卖了1000万元的脱衣服，客户都不需要发票，于是老板把这笔钱入进了自己的个人口袋，后来企业要进货需要钱，于是向老板个人借款，这个时候，税务局会认定为企业做两套帐，有账外资金隐藏收入，这对企业来说是个不小的风险。
商业回扣
商业回扣在企业经营过程中非常常见，一位企业老板他们一年营业额9000万有差不多将近2000万的回扣，但这些回扣多，不可能会有发票的，更不可能代收受人扣缴个人所得税。常见的就是医疗器械或者医药行业。
支出无票
所谓支出无票，就是钱花出去了，但是没有拿到发票。发票对企业来说，有着重大的意义，尤其是在做账方面，基本上，企业或财务都知道，发票是主要的原始依据。事实上，企业很多支出都是凭发票做账，尤其是大型企业，做账比较规范，普遍如此。在税局“以票控税”的监管模式下，发票是每个企业都无法绕过的问题。
账面记录不规范
企业的账本或者会计凭证上写着“代开”，“税点”，“回扣”，“送礼”，“礼品”等字眼，会给企业带来不可预料的风险。
增值税发票虚开
增值税发票虚开一般指虚开增值税发票罪，具有下列行为之一的都属于增值税发票虚开：
（1）没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具。
（2）有货物购销或者提供或接受应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实。
（3）进行实际经营活动，但他人为自己代开，其余的对不能反映纳税情况的有关内容，作虚假填写。
不合规票据
是指发票的抬头、日期等信息不合规。比如企业在1月份的报销中出现了12月份的发票，这就叫不合规发票。不合规票据还包括金额错误，备注档折扣等等，抬头简称是最常见的不合规定问题。
提前开发票
是指企业的交易还没有发生，成本还没有产生就庭前把发票开了，风险在于容易被税务部门认为虚开发票。
存货账实不符
民营企业存在前着一个非常严重的问题，要么实际存货比帐面多要委实际存货比帐面少。
财政性资金收入不缴税
财政性资金收入，许多企业以为是政府补贴，如果缴税不就又还给政府了吗？所以不缴税，留下罚款、补税、滞纳金的风险。
两套账
很多企业都有两套账，内账和外账，实际上他们两套账处理非常简单粗暴，甚至根本不需要稽查，一看对外报表就能判断在通过两套账进行偷税。
大额不需要支付的应付账款
这很可能是企业买发票时，票买进来了，货款却不用付，只好挂“应付帐款买票越多，金额越来越大，最后在财务帐上留下后遗症无法消除。
公司注销问题
随着金税四期上线，社保入税、工商信息联网、银行流水监管，国家在不断地营造一个公平的税收环境。税务管理不规范的企业，风险越来越大，为了逃避风险，最好的办法不外乎规范企业纳税或注销企业。事实上。注销公司一般要做3-4年的税务稽查审计，企业的问题，能经得住稽查？
收入确认按开票时间确认
很多企业是收款的时候开票、确认收入，但也有企业存在客户要发票、打款时间和正常销售时间不一致的情况。如8月1号把货卖了（货已发送完毕）11月1号客户才给付款。
这种情况下，什么时候开票并纳税呢？纳税义务时间是什么时候？按税法规定，纳税义务时间是8月1号，但是大多数企业都是把11月1号客户付款并给客户开票的时间作为纳税义务时间，这也将导致税务风险。
公司账户套现
出借账户，或者帮客户提取现金。客户向企业购买10万元货款给了一张15万元的支票，让客户帮忙提取5万元的现金（不是要回扣，发票面额还是10万元），容易被认定为价外费用征税。