非营利性机构办理税务登记证流程：
先办理工商营业执照，然后带着营业执照副本及复印件，业主身份证及复印件，组织机构代码证，公司章程、注册资本评估报告，房屋产权证明或房屋租赁合同、到税务局办理税务登记。
填写税务登记申请表，并缴纳登记证工本费（有的地区规定免缴）。如果是服务业、建筑业、饮食业等缴纳营业税的业户，要到地税局办理：如果是缴纳增值税的业户，要到国税局办理
纳税人应当自领取《营业执照》之日起30日内，向税务机关申报办理税务记。 逾期办理的会被罚款，税法上规定是2000块钱以下罚款。所以你尽快去办理。
办理税务登记受理后，主动联系税务管理人员。