丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联作记账凭证，使用专用发票抵扣联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
丢失抵扣联的处理：使用专用发票发票联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
丢失发票联和抵扣联的处理：开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》；再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
丢失记账联的处理：一般来说，如果发票开出后尚未寄出，可（开票单位）将发票的发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
丢失全联次处理：一般是结合3和4的处理方式合并进行处理。