运输发票的办理流程如下：
已在税务局办理税务登记证的个人，可以直接申请代开货物运输业增值税专用发票。
未在税务局办理税务登记证的个人，可以先申请办理临时税务登记，再申请代开货物运输业增值税专用发票，不申请办理临时税务登记的，只能申请代开增值税普通发票。
运输发票一般是运输发票税额，是对增值税一般纳税人外购货物或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（代垫运费除外），根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依9%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。
货运发票如何开具法律分析：1、运输单位提供运输劳务自行开具的运输业统一发票；2、由“自开票纳税人”开具的运输业统一发票；所谓的“自开票纳税人，是指符合规定条件，向主管地税局申请领购并自行开具货物运输业发票的纳税人”。
法律依据：《关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》 第四条 增值税发票开具。（一）税务总局编写了《商品和服务税收分类与编码（试行）》（以下简称编码，见附件），并在新系统中增加了编码相关功能。自2016年5月1日起，纳入新系统推行范围的试点纳税人及新办增值税纳税人，应使用新系统选择相应的编码开具增值税发票。北京市、上海市、江苏省和广东省已使用编码的纳税人，应于5月1日前完成开票软件升级。5月1日前已使用新系统的纳税人，应于8月1日前完成开票软件升级。（二）按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。（三）提供建筑服务，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，应在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称。（四）销售不动产，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，应在发票“货物或应税劳务、服务名称”栏填写不动产名称及房屋产权证书号码（无房屋产权证书的可不填写），“单位”栏填写面积单位，备注栏注明不动产的详细地址。（五）出租不动产，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，应在备注栏注明不动产的详细地址。（六）个人出租住房适用优惠政策减按1.5%征收，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中征收率减按1.5%征收开票功能，录入含税销售额，系统自动计算税额和不含税金额，发票开具不应与其他应税行为混开。（七）税务机关代开增值税发票时，“销售方开户行及账号”栏填写税收完税凭证字轨及号码或系统税票号码（免税代开增值税普通发票可不填写）。（八）国税机关为跨县（市、区）提供不动产经营租赁服务、建筑服务的小规模纳税人（不包括其他个人），代开增值税发票时，在发票备注栏中自动打印“YD”字样。
货运发票如何开持货运证及身份证到当地地税办税服务厅申请代开即可。