农产品增值税计算方法是按照销售额与适用税率计算，同时还需考虑抵扣的进项税额，最终确定应缴纳的增值税金额。
根据《中华人民共和国增值税法》及其实施条例的规定，农产品增值税的计算方法是：销售额乘以适用税率，再减去抵扣的进项税额，最终得出应缴纳的增值税金额。
具体来说：1. 销售额指的是纳税人销售农产品取得的对价金额，包括物价、运输费等；2. 适用税率指的是根据不同的农产品类型和处理方式，按照政策规定确定的税率；3. 进项税额是指纳税人在购买生产、经营过程中支付的增值税，可以作为应纳增值税的抵扣项目。
需要注意的是，对于农产品销售额在5万元以下的小规模纳税人，可以采用差额征收方法，即按照销售额与适用税率相乘来计算应纳增值税，无需进行进项税额抵扣。
农产品增值税中的进项税额具体如何抵扣？进项税额可以在计算应纳增值税时进行抵扣，具体抵扣方法为：销售额乘以适用税率得出应纳增值税金额，再减去可抵扣的进项税额，得到实际应缴纳的增值税金额。
如果进项税额大于应纳增值税金额，则可以把多余的进项税额结转至下期。
农产品增值税计算方法比较简单，但需要注意销售额、适用税率和进项税额等因素的综合计算。
农业生产者在销售农产品时应及时了解相关政策和法律法规，遵守税收规定，依法纳税。
【法律依据】：《中华人民共和国增值税法》第十二条 税款的计算方法为：应税销售额×适用税率。
其中，应税销售额是指销售货物、提供应税劳务和承包应税作业取得的对价；适用税率是指按照政策规定确定的税率。
直接销售法如何核定农产品进项税额?直接销售法如何核定农产品进项税额?直接销售:是工厂直接生产,销售自己生产的产品,不经常他人售卖,自主研发销售一体模式.试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的,农产品增值税进项税额可按照以下方法核定:1、投入产出法:参照国家标准、行业标准(包括行业公认标准和行业平均耗用值)确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量(以下称农产品单耗数量).当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价(含税,下同)和农产品增值税进项税额扣除率(以下简称"扣除率")计算.公式为:当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1+扣除率)当期农产品耗用数量=当期销售货物数量(不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量)×农产品单耗数量2、成本法:依据试点纳税人年度会计核算资料,计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例(以下称农产品耗用率).当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算.公式为:当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/(1+扣除率)农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定.3、参照法:新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的,试点纳税人可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率.农产品进项税额转出如何算?税务部门为了鼓励企业购买农业生产者生产的农产品,规定企业可以凭收购发票上的金额计算抵扣进项税额,进项税额=买价*13%.如果企业因管理不善造成的货物损失,要将农产品对应的进项税额转出,转出的进项税额=成本/(1-13%)*13%.。
农产品进项税额怎么计算增值税一般纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。其计算公式为，进项税额=买价×扣除率。
按照简易计税方法，依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人，取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。