1．混淆收入类别。
《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）规定，一般纳税人从事交通服务应按11%的税率纳税，从事物流辅助服务按6%的税率纳税。同时，该文件规定：“交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务”。有的物流企业，故意混淆收入类别，将交通运输业务申报为物流辅助服务业务，少缴纳增值税，造成企业的税负明显偏低，甚至长期留抵税款。
2．发票开具错误。
《发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十一条规定，专用发票开具应项目齐全，与实际交易相符。但有的物流企业利用客户多是零星货物运输，金额不大，不会较真的心理，或是利用客户对税法不了解，以为零星货物运输就是物流辅助服务，未按规定开具发票，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目，造成虚开发票风险。
3．收入核算不准确。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。因此，物流企业需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。但是，有的物流企业未分别核算不同业务营业额，而是将收取的包括快递费、运费在内全部或大部分，作为收派服务申报纳税。
4．隐瞒销售服务。
一般而言，快递费由收件费、运输费和送件费等组成，快递费则是一次性收取，需要快递总公司与加盟商结算收派费用。由于加盟商纳税人的身份问题，一般纳税人采用简易计税办法计税，导致部分快递企业难以获得增值税专用发票抵扣或者获得的增值税专用发票抵扣不足，于是，一些纳税人干脆采取隐瞒销售服务，与加盟商结算时实行账外结算。
5．进项税额核算不完善。
物流企业既有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。但是，有的物流企业未将进项税额合理划分，存在多抵扣进项税额的风险。
物流企业税收筹划存在的风险有哪些？您好！很多物流企业选择以转包的方式把自己的业务交给网络货运平台，以此获取9%的运输进项。但值得注意的是，此种方式的操作是一定要注意控制风险。
最大的风险就是不规范平台带来的虚开风险，有企业说我们就是把真实的订单给到了平台企业，他们会帮我们录单，票都是真实的。但你的业务真实，不代表你获取的发票就一定没有风险。 这个问题我们分三种情况来看。
一是支付方面：事前已支付司机运费了，通过网络货运平台走账回到私账，会有巨大的个人所得税涉税风险和xiqian风险。
二是业务层面，《办法》中要求平台进行全过程、透明化、实时jiankong和动态管理。如果后补录单，即便用司机APP接单，如果司机不实时操作，那司机实际运输时间、轨迹和平台业务时间、轨迹无法匹配，也属于异常情况，平台操作过程要注意货主实时下单，司机实时接单。所有运输参与方实时维护节点信息，才真正规避虚开风险，即便大部分网络货运平台企业再三强调自己是五流合一，但也请注意甄别。
平台是否合规可以基于几方面来做判断，一是平台是否和司机签订合同，二是订单补录还是实时下单，三是司机是否通过APP做运输执行操作，并通过APP来收取运费。最后一点是你的业务真实，不代表你的数据不被作为其他人卖票的税收依据，有很多这类企业为了迎合《办法》的要求，会购买真实的轨迹来做税收依据，当一个轨迹在国家监测平台出现两个订单时，总是会被卷入虚开调查中。
除了不规范平台带来的虚开风险之外，第二个风险就是税收外流带来的地方税务稽查风险。
如果企业把所有业务都委托给网络货运平台，那么企业营业收入再大，但在税收贡献上是非常小的，一般来说，税负变动异常，税负率长期低水平状态也是很容易引起税务机关注意的。
第三个风险是：目前很多物流企业为了控制风险，会选择三四个平台来合作，以为鸡蛋放在多个篮子里更安全，但实际情况是多个篮子意味着多个风险点的叠加，而且在平台选择上也加大了困难。
第四个风险就是支付上采用银企直连带来的资金风险，因为网络货运平台企业在实际合作中大部分只是财税合作，并未实际进行司机调度和运输服务，因此都是给把平台账号给到企业，由企业自己调度并进行系统操作，因为要符合网络货运的规定，从法务上合规，一般在支付时采取银企直连的方式，钱要先充到平台的子账户，实际此账户虽然时企业的名字，实则为平台公司账户，倘若平台突然关闭，会存在重大的资金风险。因此在选择平台时一定要对平台企业在技术、运营、信用、实力等方面进行全方位的考察，谨慎选择。同时物流企业一定要基于自己的实际业务情况，综合考虑，做好税务结构的规划，合理合法合规的进行税筹。
以上是我的回复，希望对您有帮助。
请问如何防范运输发票上的税收风险税法规定，一般纳税人在生产经营过程中所支付的运输费用并取得运费结算单据的，允许按运费金额的7%计算抵扣进项税额。涉及固定资产、免税货物的除外。
目前，纳税人取得的运费结算单据分以下七类：
航空运输、管道运输、海洋运输、公路运输、内河运输、联运。其中：公路运输、内河运输、联运等三类发票已实行全国统一票样，统一套印发票监制章，统一使用税控收款机开具。对铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输，目前暂未实行全国统一。
一些特别的规定：
铁路运费可以抵扣的范围是各种运营费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）和铁路建设基金。不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费。
对国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
对取得的票面项目填写不齐全的运输发票(附有运输清单的汇总开具的运输发票除外)不得计算抵扣进项税额。
中国铁路包裹快运公司的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可以计算抵扣进项税额。但《中铁快运包裹票》不能够抵扣。
对采取邮寄方式销售、购买货物所支付的邮寄费，不允许计算进项税额抵扣。
纳税人应正确理解掌握上述规定，避免不必要的违法行为发生。
根据实践来看，主要有以下方面的问题：1、由个体户（个人）承运，取得的货运发票被证实为虚开或代开。
由于个体运输需具备的条件较低，相对于正规的运输公司价格低廉，且上门推销的较多，一些企业就接受了这些个体车辆的运输劳务。然而提供发票时，这些个体运输户却通过支付手续费违法取得发票后提供给接受劳务的企业。2、与货运代理公司签订的合同，取得的却是非实际承运的运输单位的运输发票。
有的小型货代公司本身没有运输能力，为了降低成本，接到业务后不委托给正规的货运公司，而是随意叫一些个体运输户运输，一旦受票企业要求取得可以抵扣的货运发票，货代公司便到其他运输公司代开发票。3、与货物运输公司签订的合同，但取得的却是其他运输公司的发票。
有的运输公司本身没有合法经营资格，承运货物后，在受票企业要求其提供发票结帐时，往往提供非法的代开发票；或者由于运输公司认为自己开票所需承担的税费高于去代开发票支付的费用，因此，有的运输公司往往以其他公司的名义去代开发票交与受票企业。4、受票企业在购货过程中，由供货方代办运输，代垫运费，但供货方转交的确是虚开的货运发票。5、同时，有的企业没有货物运输业务，但出于抵扣税款和成本费用列支的考虑，以支付一定手续费用的形式购买运输发票，既抵扣了税款，又列支了成本费用。
由于运输发票已实行全国联网交叉稽核比对，因此，虚假的货物运输发票，对纳税人而言，就像是一颗颗定时炸弹，一旦爆炸，纳税人将面临补税、罚款甚至追究刑事责任的处理。同时，相关的运费金额不得在税前作为成本、费用列支，对外资企业甚至会涉及调整获利年度。
最关键的一点，一个不良的纳税记录将对纳税人的形象造成重大影响。
因此必须增强防范意识，提高规避风险的能力。1、纳税人要与合法经营，有良好资质、信誉的单位开展运输业务，切不能只贪图便宜，对有疑点或初次接触的运输单位或个人，应注意核对其营业执照、税务登记证件、运营资格证书等相关证明文件。2、纳税人在经营过程中，要注意保护自身的利益，如签订书面运输合同、查看对方完税凭证、采用银行转帐付款、做到票、货、款一致。3、对个人提供运输劳务的，要特别慎重。按规定，个人所提供的运费发票必须要有税务机关或中介机构的代开发票专用章，而且一份发票要对应一份完税凭证。4、纳税人在接收运费发票时，要对发票的票面内容进行充分审核。对公路、内河货物运输发票，目前主要有以下规定：
①必须全部使用税控收款机开具，不得手写；②发票上的机打代码、机打号码与纸质发票的代码、号码一致；③货运发票的实际受票方或抵扣方的纳税人识别号前打印＋号标记，该纳税人识别号必须为接收运费发票的企业的实际税号；④发票上的运费和其他费用要分别注明。