1．混淆收入类别。
《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）规定，一般纳税人从事交通服务应按11%的税率纳税，从事物流辅助服务按6%的税率纳税。同时，该文件规定：“交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务”。有的物流企业，故意混淆收入类别，将交通运输业务申报为物流辅助服务业务，少缴纳增值税，造成企业的税负明显偏低，甚至长期留抵税款。
2．发票开具错误。
《发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十一条规定，专用发票开具应项目齐全，与实际交易相符。但有的物流企业利用客户多是零星货物运输，金额不大，不会较真的心理，或是利用客户对税法不了解，以为零星货物运输就是物流辅助服务，未按规定开具发票，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目，造成虚开发票风险。
3．收入核算不准确。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。因此，物流企业需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。但是，有的物流企业未分别核算不同业务营业额，而是将收取的包括快递费、运费在内全部或大部分，作为收派服务申报纳税。
4．隐瞒销售服务。
一般而言，快递费由收件费、运输费和送件费等组成，快递费则是一次性收取，需要快递总公司与加盟商结算收派费用。由于加盟商纳税人的身份问题，一般纳税人采用简易计税办法计税，导致部分快递企业难以获得增值税专用发票抵扣或者获得的增值税专用发票抵扣不足，于是，一些纳税人干脆采取隐瞒销售服务，与加盟商结算时实行账外结算。
5．进项税额核算不完善。
物流企业既有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。但是，有的物流企业未将进项税额合理划分，存在多抵扣进项税额的风险。
交通运输业涉税问题有哪些？亲亲您好， 一、关于纳税人问题。根据《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十条规定，单位和个人将运输经营权承包租赁给他人的，以承租人或承包人为纳税人。
关于纳税地点问题。根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第十二条规定，纳税人从事运输业务，应当向其机构所在地主管税务机关申报纳税。这里的“机构所在地”包含以下涵义：
（一） 纳税人办理税务登记的，为税务登记所在地。
（二） 未办理税务登记的单位为其驻地；个人为其居住地。
根据税收征管法及有关规定，一切从事交通运输经营的单位和个人，都应当向其单位驻地或个人居住地税务机关申报办理税务登记。
（国家税务总局1997年8月21日国税函〔1997〕478号批复，自治区地方税务局1997年10月10日新地税征字〔1997〕037号通知转发）
营业税
交通运输业营业税的纳税人如何规定?
公路运输的纳税人包括：
(1)陆路运输企业和个体运输户。
(2)对外承揽运输业务的其他企业和机关、团体、部队、学校等单位。
水路运输的纳税人包括海运和内河运输海运包括**运输和沿海运输。**运输的纳税人为中国**运输公司所属大连、天津、广州、青岛、上海分公司，就是**运输业务营业税的纳税人。沿海运输的纳税人为经营沿海运输业务的交通部直属海运企业，地方交通部门所属航运企业及其他国营、集体、私营海运企业、个体海运户及其他单位和个人。
内河运输的纳税人为：一切从事内河运输的单位和个人。
航空运输中客运、货运、邮运、专包机运输业务和通用航空业务纳税人为航空公司。
装卸搬运的纳税人为：陆路运输、海运、河运、航运、铁路运输中从事装卸搬运的单位和个人。从事装卸搬运业务的工商企业、联运企业、物资企业和个体经营者。
交通运输业纳税人确定中应注意哪些问题
航空运输纳税人应注意的是：
(1)民航售票单位不是航空运输营业税的纳税人，一律不向当地缴纳营业税。航空运输中客运、货运、邮运、专包机运输业务和通用航空业务纳税人一律为承运的航空公司。
(2)民航地面服务业务的纳税人为机场、航空公司、民航地区管理局、省、自治区、直辖市民航管理局、航站。
营业税的计税依据是什么?
交通运输业营业税的计税依据为：纳税人提供应税劳务向对方收取的全部价款和价外费用。价外费用，包括向对方收取的手续费、基金、集资费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外费用。凡价外费用无论会计制度如何核算，均应并入营业额计算应纳税款。一般包括客运收入、货运收入、装卸搬运收入、其他运输业务收入和运输票价中包含的保险费收入以及随同票价、货运运价向客户收取的各种交通建设基金等。
计税依据中应注意哪些问题?
(1)联运业务的营业额是指运企业开展联运业务时，其实际取得的营业额。即以收到的收入扣除支付给以后的承运者的运费、装卸费、换装费等费用的余额。
注：联运业务，是指两个以上运输企业完成旅客或货物从出发地至到达地点所进行的运输业务。特点是：一次购买、一次收费、一票到底。
(2)跨境运输的营业额是指运输企业自中华人民共和国境内运输旅客或货物出境，在境外改由其他运输企业承运乘客或货物的，以全程运费减去付给承运企业的运费后的余额为营业额。
交通运输业的征税范围是什么?
水路运输、航空运输、管道运输、装卸搬运。
对搬家业务，应按交通运输业税目中装卸搬运征收营业税。
交通运输业的适用税率是多少?
交通运输业按3%征收营业税。
交通运输业营业税的计算方法是怎样的?
应纳营业税=计税依据×适用税率
教育费附加
计税依据是纳税人实际缴纳的营业税的税额。附加率为3%。
计算公式：应交教育费附加=应纳营业税税额×费率
城市维护建设税
计税依据为纳税人实际缴纳的营业税的税额。税率分为：
纳税人所在地为市区的税率为7%;
纳税人所在地为县城、镇的，税率为5%;
纳税人所在地不在市区、县城、镇的税率为1%。
企业所得税
企业所得税的征税对象是交通运输业的纳税人取得的交通运输收入所得和其他所得。税率为25%。基本计算公式：应纳税所得额=收入总额一准予扣除项目金额，应纳所得税=应纳税所得额×税率。
房产税
如果企业拥有房产产权的，需缴纳房产税。
房产税是在城市、县城、建制镇、工矿区范围内，对拥有房屋产权的内资单位和个人按照房产税原值或租金收入征收的一种税。房产税以房产原值(评估值)为计税依据，税率为1.2%。计算公式为：应纳税额=房产原值(评估值)×(1-30%)×1.2%。
城镇土地使用税
城镇土地使用税是在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，对拥有土地使用权的单位和个人以实际占用的土地面积为计税依据，按规定税额征收的一种税。年应纳税额=∑(实际占用应税土地面积×适用税额)。
印花税
印花税是对在经济活动和经济交往中书立、领受印花税暂行条例所列举的各种凭证所征收的一种兼有行为性质的凭证税。分为从价计税和从量计税两种。应纳税额=计税金额×税率，应纳税额=凭证数量×单位税额。
契税
如果企业承受房地产时还需及时缴纳契税。契税是对在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属时向承受土地使用权、房屋所有权的单位和个人征收的一种税。契税按土地使用权、房屋所有权转移时的成交价格为计税依据，应纳税额=房地产成交价格或评估价格×税率。
个人所得税
要按期代扣代缴员工的个人所得税。个人所得税是以个人取得的各项应税所得为对象征收的一种税。按照税法规定，支付所得的单位或者个人为个人所得税的扣缴义务人，代扣代缴个人所得税是扣缴义务人的法定义务。
物流企业税收筹划存在的风险有哪些？您好！很多物流企业选择以转包的方式把自己的业务交给网络货运平台，以此获取9%的运输进项。但值得注意的是，此种方式的操作是一定要注意控制风险。
最大的风险就是不规范平台带来的虚开风险，有企业说我们就是把真实的订单给到了平台企业，他们会帮我们录单，票都是真实的。但你的业务真实，不代表你获取的发票就一定没有风险。 这个问题我们分三种情况来看。
一是支付方面：事前已支付司机运费了，通过网络货运平台走账回到私账，会有巨大的个人所得税涉税风险和xiqian风险。
二是业务层面，《办法》中要求平台进行全过程、透明化、实时jiankong和动态管理。如果后补录单，即便用司机APP接单，如果司机不实时操作，那司机实际运输时间、轨迹和平台业务时间、轨迹无法匹配，也属于异常情况，平台操作过程要注意货主实时下单，司机实时接单。所有运输参与方实时维护节点信息，才真正规避虚开风险，即便大部分网络货运平台企业再三强调自己是五流合一，但也请注意甄别。
平台是否合规可以基于几方面来做判断，一是平台是否和司机签订合同，二是订单补录还是实时下单，三是司机是否通过APP做运输执行操作，并通过APP来收取运费。最后一点是你的业务真实，不代表你的数据不被作为其他人卖票的税收依据，有很多这类企业为了迎合《办法》的要求，会购买真实的轨迹来做税收依据，当一个轨迹在国家监测平台出现两个订单时，总是会被卷入虚开调查中。
除了不规范平台带来的虚开风险之外，第二个风险就是税收外流带来的地方税务稽查风险。
如果企业把所有业务都委托给网络货运平台，那么企业营业收入再大，但在税收贡献上是非常小的，一般来说，税负变动异常，税负率长期低水平状态也是很容易引起税务机关注意的。
第三个风险是：目前很多物流企业为了控制风险，会选择三四个平台来合作，以为鸡蛋放在多个篮子里更安全，但实际情况是多个篮子意味着多个风险点的叠加，而且在平台选择上也加大了困难。
第四个风险就是支付上采用银企直连带来的资金风险，因为网络货运平台企业在实际合作中大部分只是财税合作，并未实际进行司机调度和运输服务，因此都是给把平台账号给到企业，由企业自己调度并进行系统操作，因为要符合网络货运的规定，从法务上合规，一般在支付时采取银企直连的方式，钱要先充到平台的子账户，实际此账户虽然时企业的名字，实则为平台公司账户，倘若平台突然关闭，会存在重大的资金风险。因此在选择平台时一定要对平台企业在技术、运营、信用、实力等方面进行全方位的考察，谨慎选择。同时物流企业一定要基于自己的实际业务情况，综合考虑，做好税务结构的规划，合理合法合规的进行税筹。
以上是我的回复，希望对您有帮助。