企业不能自行组织实施税务风险评估。
根据查询相关公开信息显示：税务网显示企业组织实施税务风险需到税务部门去评估。
为防控税收风险，税务部门上线了企业税务风险的识别与评估系统，根据纳税人财务数据、申报信息等对企业税收风险高、中、低三个等级。
对税务评定企业高级风险的，作为稽查案源移送税务稽查部门处理，对税务评定企业中级风险的，开展纳税评估，对税务评定企业低级风险的，由企业自行进行核查和风险排除。
企业在应对一些税务风险该如何处理建立健全税务风险管理制度
制定企业税务风险内部控制制度，明确内控审计与监督，达到控制税务风险的目的。针对税务风险管理中监控环节，完善税务管理制度，制定税务风险管理办法，应对税务风险的发生。
定期评估税务风险
企业要定期开展税务风险评估工作，识别税务风险、分析税务风险，提出有效的税务风险应对措施，撰写税务风险评估报告，对发现的税务风险问题及时向领导汇报，便于领导者制定风险应对措施及时化解税务风险的发生，有效降低税务风险给企业带来的`经济损失。
定期开展税务风险内部审计
定期审计检查税务风险评估报告中的问题，促进税务风险防范责任，推动防范措施的有效落实。
加强税收优惠政策的合理利用
企业对国家给予的税收优惠政策要正确认定，对符合税收优惠条件的项目，税务管理部门和财务部门要积极配合，主动向税务机关提供全面、准确的材料，税务管理部门负责向税务机关申请享受税收优惠政策，税务管理部门同时也要接受税务机关的核实审查。
加强企业涉税人员的素质水平
企业不但要加强涉税人员的业务素质，而且还要不断提升涉税人员的道德素质，最大限度发挥涉税人员在企业中的作用，合理避税，规避风险。
加大宣传培训，强化税务风险意识
企业应该定期组织税务风险知识培训，针对税务风险方面的问题和相关应对措施，对涉税人员进行集中讲解，提升涉税人员的专业知识水平，增强企业税务风险应对能力。
企业税务风险评估管理子系统包括根据《国家税务总局关于定点联系企业税务风险管理信息系统有关问题的通知》第一条第一项的内容获悉，企业税务风险评估管理子系统包括定点联系企业数据采集分析平台模块、企业基本信息补充采集模块和企业风险管理调查问卷模块。
企业税务风险评估管理子系统属于定点联系企业税务风险管理信息系统的内容，该子系统用于采集企业税务风险管理信息，同时子系统也用于配合目前相关征管信息系统已有的功能和信息，以及补充采集风险管理所需的相关信息。