登录进入增值税发票综合服务平台，点击抵扣勾选，再点击发票抵扣勾选。
页面跳转，选择起始日期，点击查询。
页面会弹出对应日期内的进项发票，勾选需要的认证的进项发票，点击提交。
页面弹出勾选认证信息，核对进项发票内容，点击确定。
页面弹出提交成功，点击确定。
再次点击抵扣勾选，然后点击抵扣勾选统计。
页面跳转，点击申请统计。
页面弹出提示信息，点击确定，之后页面会弹出已申请报表统计，点击确定。
等待数据上传，点击统计查询，页面弹出进项发票之后，点击确认签名。
输入证书密码，点击确定。
页面弹出确认成功，点击确定，这样进项发票勾选操作就完成了。