对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。
对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。
对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
需要代扣代缴个人所得税。
各类应税合同、凭证，权利许可证照等应当缴纳印花税。