如果快递公司在西昌注册，但业务在成都进行，那么该公司需要在西昌进行税务登记和缴纳相关税费，同时在成都开展业务时需要向成都当地税务部门申请跨区域经营纳税备案。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国税收征收管理法实施条例》，跨区域经营纳税备案的程序如下：
快递公司需要向其在西昌所在地税务部门申请跨区域经营备案，提供相关证明文件和资料，包括营业执照、税务登记证、法人授权书、委托书、经营范围等。
西昌所在地税务部门审核并出具备案证明，并将备案信息传递给成都当地税务部门。
成都当地税务部门审核并确认备案信息，并在税务系统中办理相关手续，为快递公司开通跨区域经营纳税功能。
快递公司在成都开展业务时，按照相关规定缴纳相应的税费，并在规定的时间内向当地税务部门申报纳税申报表。
需要注意的是，不同地区的税收政策和税率可能有所不同，快递公司需要了解当地的税收政策，并遵守相关法规和规定。如果有具体的税收问题，建议咨询当地税务部门或注册会计师等专业人士的意见。