企业向股东借款风险，如果是无息，税务查到可能会让股东缴纳个人所得税。如果支付了利息，要开具利息发票，不然不能企业所得税前扣除。
企业所得税法规定，企业向股东借款利息符合以下条件的可以税前扣除：
借款金额与权益性投资比例不超过2:1（金融企业为5:1）；
利率不超过同期银行贷款利率。
企业向股东或其他与企业有关联关系的自然人借款的利息支出，应根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称税法）第四十六条及《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税[2008]121号）规定的条件，计算企业所得税扣除额。
企业向除第一条规定以外的内部职工或其他人员借款的利息支出，其借款情况同时符合以下条件的，其利息支出在不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分，根据税法第八条和税法实施条例第二十七条规定，准予扣除。
（一）企业与个人之间的借贷是真实、合法、有效的，并且不具有非法集资目的或其他违反法律、法规的行为；
（二）企业与个人之间签订了借款合同。
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内部借款
内部借款是指股东向公司借钱，股东向公司借款有可能涉嫌抽逃注册资本也可能涉嫌“视同分红”（股东借款超过一个纳税年度未归）从而导致需要缴纳个人所得税，这个对企业来说是不小的风险。
账外资金回流
把钱借给企业会被怀疑账外资金回流，比如一个做服装生意的老板卖了1000万元的脱衣服，客户都不需要发票，于是老板把这笔钱入进了自己的个人口袋，后来企业要进货需要钱，于是向老板个人借款，这个时候，税务局会认定为企业做两套帐，有账外资金隐藏收入，这对企业来说是个不小的风险。
商业回扣
商业回扣在企业经营过程中非常常见，一位企业老板他们一年营业额9000万有差不多将近2000万的回扣，但这些回扣多，不可能会有发票的，更不可能代收受人扣缴个人所得税。常见的就是医疗器械或者医药行业。
支出无票
所谓支出无票，就是钱花出去了，但是没有拿到发票。发票对企业来说，有着重大的意义，尤其是在做账方面，基本上，企业或财务都知道，发票是主要的原始依据。事实上，企业很多支出都是凭发票做账，尤其是大型企业，做账比较规范，普遍如此。在税局“以票控税”的监管模式下，发票是每个企业都无法绕过的问题。
账面记录不规范
企业的账本或者会计凭证上写着“代开”，“税点”，“回扣”，“送礼”，“礼品”等字眼，会给企业带来不可预料的风险。
增值税发票虚开
增值税发票虚开一般指虚开增值税发票罪，具有下列行为之一的都属于增值税发票虚开：
（1）没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具。
（2）有货物购销或者提供或接受应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实。
（3）进行实际经营活动，但他人为自己代开，其余的对不能反映纳税情况的有关内容，作虚假填写。
不合规票据
是指发票的抬头、日期等信息不合规。比如企业在1月份的报销中出现了12月份的发票，这就叫不合规发票。不合规票据还包括金额错误，备注档折扣等等，抬头简称是最常见的不合规定问题。
提前开发票
是指企业的交易还没有发生，成本还没有产生就庭前把发票开了，风险在于容易被税务部门认为虚开发票。
存货账实不符
民营企业存在前着一个非常严重的问题，要么实际存货比帐面多要委实际存货比帐面少。
财政性资金收入不缴税
财政性资金收入，许多企业以为是政府补贴，如果缴税不就又还给政府了吗？所以不缴税，留下罚款、补税、滞纳金的风险。
两套账
很多企业都有两套账，内账和外账，实际上他们两套账处理非常简单粗暴，甚至根本不需要稽查，一看对外报表就能判断在通过两套账进行偷税。
大额不需要支付的应付账款
这很可能是企业买发票时，票买进来了，货款却不用付，只好挂“应付帐款买票越多，金额越来越大，最后在财务帐上留下后遗症无法消除。
公司注销问题
随着金税四期上线，社保入税、工商信息联网、银行流水监管，国家在不断地营造一个公平的税收环境。税务管理不规范的企业，风险越来越大，为了逃避风险，最好的办法不外乎规范企业纳税或注销企业。事实上。注销公司一般要做3-4年的税务稽查审计，企业的问题，能经得住稽查？
收入确认按开票时间确认
很多企业是收款的时候开票、确认收入，但也有企业存在客户要发票、打款时间和正常销售时间不一致的情况。如8月1号把货卖了（货已发送完毕）11月1号客户才给付款。
这种情况下，什么时候开票并纳税呢？纳税义务时间是什么时候？按税法规定，纳税义务时间是8月1号，但是大多数企业都是把11月1号客户付款并给客户开票的时间作为纳税义务时间，这也将导致税务风险。
公司账户套现
出借账户，或者帮客户提取现金。客户向企业购买10万元货款给了一张15万元的支票，让客户帮忙提取5万元的现金（不是要回扣，发票面额还是10万元），容易被认定为价外费用征税。
股东借款税务问题法律主观：纳税年度内个人投资者从其投资企业（个人独资企业、 合伙企业 除外）借款，在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征 个人所得税 。国税总局也发布公告，强调加强个人投资者从其投资企业借款的管理，对期限超过一年而又未用于企业生产经营的借款，严格按照有关规定征收个人所得税。 《财政部国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》第一条关于个人投资者以企业（包括个人独资企业、合伙企业和其他企业）资金为本人、家庭成员及其相关人员支付消费性支出及购买家庭财产的处理问题个人独资企业、合伙企业的个人投资者以企业资金为本人、家庭成员及其相关人员支付与企业生产经营无关的消费性支出及购买汽车、住房等财产性支出，视为企业对个人投资者的利润分配，并入投资者个人的生产经营所得，依照“个体工商户的生产经营所得”项目计征个人所得税。 除个人独资企业、合伙企业以外的其他企业的个人投资者，以企业资金为本人、家庭成员及其相关人员支付与企业生产经营无关的消费性支出及购买汽车、住房等财产性支出，视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。 企业的上述支出不允许在所得税前扣除。
法律客观：《个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税： （一）工资、薪金所得； （二）劳务报酬所得； （三）稿酬所得； （四）特许权使用费所得； （五）经营所得； （六）利息、股息、红利所得； （七）财产租赁所得； （八）财产转让所得； （九）偶然所得。 居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。