根据《国家税务总局关于合理简并纳税人申报缴税次数的公告》（2016年第6号）规定：随增值税、消费税附征的城市维护建设税、教育费附加免于零申报。即增值税小规模纳税人月销售额或营业额不超过3万元（按季不超过9万元）的，地税系统直接提取国税系统申报数据，并自动进行教育费附加、地方教育附加、地方水利基金零申报，纳税人无需再进行零申报。
国税增值税和消费税按月申报税额3万到10万（按季申报9万到30万）申报成功后，因教育费附加、地方教育附加、水利建设基金三项附加税减免，系统会自动对这三项0申报，网报就会提示已申报无法重复申报。目前网报会只显示未申报的城市维护建设税。
在金三核心系统申报附加税时，教育费附加、地方教育附加、水利建设专项收入三项以红色显示，并且提示纳税人“列表中红色数据项为增值税附加税（费）和消费税附加税（费）已申报数据时，请务必删除。”