依据《增值税专用发票使用规定》第二十条,专用发票作废必须符合三个条件:
当月;
第二,收回发票联和抵扣联或者发票联和抵扣联没有交给购买方;
第三,该发票没有认证或者认证失败。你公司在没有收回发票联和抵扣联的情况下就把发票作废了,导致发票联和抵扣联丢失,属于未按规定开具发票。依据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条第九款规定,违反本办法的规定,有下列情形之一的,由税务机关责令改正,可以处1万元以下的罚款;有违法所得的予以没收:
(九)未按照规定存放和保管发票的。处罚你公司和你交多少税款没有关系,两码事。