如果发票是上税控系统的，开票的金额在税务局征管系统里有数据，大头小尾不难发现（税控开票，大头小尾基本杜绝了），如果是手工开票的，在发票查询系统里只能查到发票是否在税务局领购的以及领购单位是谁，要发现大头小尾，还必须将发票存根联与发票联进行比对才能发现问题。
大头小尾发票，税务人员怎样才能发现？那种一般没人举报的话，查出来的几率很小，但是现在很多都升级改为机打的发票了，不能开假的了，手写的那种一般是零售商店之类的吧，那种有的是定额交税，有的营业额也不大，没必要那么做的．
另外，如果你是财务，一定不要干这样的事，对自己没好处的
什么是大头小尾发票？税务局是根据什么看了来的？多久查一次账呢？这种情况有好几种称呼：“大头小尾”、“发票套开”，意思都一样。
指发票的发票联金额大（大头），而同一份发票的存根联和记帐联则金额小（小尾）。这是国家税务机关严格禁止的。
税务局不定期检查。
税务局关心的税金，一般查公司是否有偷漏。
他们会将每月申报的税纳金额，打印出一份清单，根据你的账面销售收入，已开票收入，未开票收入，确定你的应税额，再根据他们的清单比对。看看你是否有少报税。你所申报的税种一般都会查到，重点在“增值税”“营业税”和“印花税”，前两者是按销售收入计算，后者是按合同，有些公司申报印花税时按销售收入的已款来申报就会导至印花税交税不足。（如合同100万，分期付款，1月50万，2月50万，你公司申报印花税时，要在1月就申报100万，而不是分两个月各50万来申报）
另外，个税也会查到，工资薪酬是否有按规定交个税。或你公司有多少人，是否有交社保等等。
查本和凭证也会看看，一般大金额的支出他们会看原始凭证，检查发票真伪等等。