营改增前后，土地增税清算时对税金的扣除确实是有区别的，差别主要在营业税。
营改增后土地增值税清算时允许扣除的与转让房地产有关的税金=营改增前实际缴纳的营业税、城建税、教育费附加+营改增后允许扣除的城建税、教育费附加。
与营业税不同，增值税是价外税，缴纳增值税不计入损益类科目，所以在土地增值税清算时，缴纳的增值税不允许扣除。
依据《关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）第三条规定，关于与转让房地产有关的税金扣除问题：
（一）营改增后，计算土地增值税增值额的扣除项目中“与转让房地产有关的税金”不包括增值税。
（二）营改增后，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税（以下简称“城建税”）、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除。 其他转让房地产行为的城建税、教育费附加扣除比照上述规定执行。
依据上述规定：
2016年5月1日前已经预售的房地产项目，在土地增值税清算时，允许扣除的税金包括营业税、城建税、教育费附加；
2016年5月1日之后开始预售的房地产项目，在土地增值税清算时，允许扣除的税金包括城建税、教育费附加。
希望我的回答对你有所帮助。