法律分析：税收违法案件一案双查办法是为加强对税务机关和税务人员征收管理和执法行为的监督检查，依法依纪查处征收管理和执法中的违法违纪行为制定的办法，一案双查，是指在查处纳税人、扣缴义务人（以下简称纳税人）税收违法案件中，对涉案税务机关或税务人员违法违纪行为进行调查，并依照有关规定追究税务机关或税务人员的责任。一案双查由稽查部门和监察部门按照职责分工实施。稽查部门负责检查纳税人税收违法行为,监察部门负责调查税务机关和税务人员违法违纪问题。
法律依据：《税收违法案件一案双查办法》全文
税收违法案件一案双查工作管理制度有哪些税收违法案件一案双查工作管理制度有《税收违法案件一案双查办法(试行)》和《税收违法案件一案双查工作补充规定》.
税收违法案件一案双查办法（试行）
第一条 为加强对税务机关和税务人员征收管理和执法行为的监督检查，依法依纪查处征收管理和执法中的违法违纪行为，制定本办法。
第二条 本办法所称一案双查，是指在查处纳税人、扣缴义务人（以下简称纳税人）税收违法案件中，对涉案税务机关或税务人员违法违纪行为进行调查，并依照有关规定追究税务机关或税务人员的责任。
一案双查由稽查部门和监察部门按照职责分工实施。稽查部门负责检查纳税人税收违法行为，监察部门负责调查税务机关和税务人员违法违纪问题。
第三条 税务机关在下列情况下，实行一案双查：
（一）稽查部门在检查中发现税务机关或税务人员失职渎职、滥用职权、贪污受贿或者利用职权侵犯公民权利等，涉嫌违法违纪的；
（二）举报纳税人税收违法行为，同时举报税务机关或税务人员违法违纪并且问题严重，线索具体的；
（三）重大税收违法案件，税务机关认为需要实行一案双查的。
第四条 稽查部门发现税务机关或税务人员涉嫌以下违法违纪行为的事实或线索，应将有关证据和材料转交有管辖权的监察部门：
（一）与不法分子相勾结，虚开、买卖发票，骗取国家税款的；
（二）为涉案纳税人通风报信、作伪证、说情、影响案件查处的；
（三）索取、收受贿赂，利用职务之便为自己或者他人谋取利益的；
（四）经商办企业或在企业入股分红的；
（五）不履行或者不认真履行职责造成税款损失的；
（六）违法违纪和失职渎职的其他行为。
第五条 稽查人员发现税务机关或者税务人员涉嫌存在本办法第四条所列违法违纪行为的事实或线索的，应在24小时内报告本稽查局局长或者主持工作的负责人；稽查局局长或者主持工作的负责人应在三个工作日内提出同意转交或者不同意转交监察部门的意见，并将意见报告分管稽查工作的税务局领导；分管稽查工作的税务局领导应当在三个工作日内作出批准转交或者不批准转交的决定。决定批准的，应当在24小时内将有关证据和材料转交监察部门；决定不批准的，应当将不予批准的理由记录在案。
稽查人员发现税务机关或者税务人员涉嫌违法违纪行为的事实或线索涉及本部门负责人或者分管稽查工作的税务局领导的，可以直接报告上级税务机关或者监察部门。
第六条 稽查部门向监察部门转交违法违纪线索，应制作《税务机关（人员）违法违纪线索转交单》，办理交接手续。
第七条 举报纳税人税收违法行为同时举报税务机关或税务人员违法违纪问题的，一般先由稽查部门实施税务检查，检查结束后，稽查部门应当将检查结论通报监察部门。
举报纳税人税收违法行为同时举报税务机关或税务人员违法违纪问题严重，线索具体的，经分管稽查和监察工作的税务局领导批准同意，稽查部门和监察部门可组成联合检查组，同时进行调查。
第八条 监察部门在接到稽查部门转交的违法违纪问题线索后，应当及时决定是否受理，并将受理情况反馈给稽查部门。对于不属于本部门管辖范围的，应当及时转送有管辖权的部门，并告知转交线索的稽查部门。
第九条 稽查部门在实施税收检查中，发现税务机关或税务人员涉嫌违法违纪行为的事实或线索，应当妥善保存与违法违纪行为有关的证据材料。
第十条 监察部门对稽查部门转交的税务机关或税务人员违法违纪行为线索，可征求有关税收业务部门的意见，作为是否受理和调查的参考，并可提请有关部门协助收集、审查、判断或者认定证据。
第十一条 稽查部门和监察部门实施检查、调查，应按有关法律、法规和制度、规定执行。
第十二条 稽查部门、监察部门对所发现的税务机关或税务人员违法违纪的证据、线索，以及涉案纳税人的有关情况，应当遵守保密工作纪律，不得泄露、传播。
第十三条 稽查部门、监察部门违反本办法，或者有下列行为情节严重的，应当追究有关人员的责任：
（一）稽查部门发现税务机关或者税务人员涉嫌违法违纪或失职渎职行为的事实或证据，隐瞒不报，或者隐匿、销毁有关线索、证据的；
（二）监察部门接到稽查部门转交的证据、线索，无正当理由不受理的。
第十四条 税务机关其他部门在履行职责过程中，发现税务机关或税务人员有涉嫌违法违纪行为的事实或线索的，比照本办法执行。
第十五条 本办法由监察部驻国家税务总局监察局、国家税务总局稽查局负责解释。
第十六条 各省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局根据本办法制定具体实施办法。
第十七条 本办法自印发之日起施行。
税收违法案件一案双查工作补充规定
《税收违法案件一案双查办法（试行）》自2008年施行以来，对及时发现并查处税务人员的违纪违法问题，规范税收征管和税收执法行为发挥了重要作用。但是，在执行中我们也发现《税收违法案件一案双查办法（试行）》存在刚性不足，操作性不强的问题。为进一步落实中央纪委关于“转职能、转方式、转作风”的工作部署，加大税收违法案件一案双查力度，现对一案双查工作补充规定（以下简称《规定》）如下：
本《规定》所称一案双查，是指在查处纳税人、扣缴义务人和其他涉税当事人（以下简称涉税当事人）税收违法案件中，对税务机关或者税务人员的执法行为规范性和履职行为廉洁性进行检查，对违纪违法行为依照有关规定进行调查和追究责任的活动。
一案双查由稽查部门、纪检监察部门按照职责分工实施。稽查部门负责查处涉税当事人税收违法行为，纪检监察部门负责查处税务机关和税务人员违纪违法行为。稽查部门、纪检监察部门实施检查、调查应当使用各自文书，并按照有关法律、行政法规和规章制度执行。
有下列情形之一的，实行一案双查：
（一）稽查部门在检查中发现税务机关或者税务人员涉嫌失职渎职、索贿受贿或者侵犯公民、法人和其他组织合法权益等行为的；
（二）重大税收违法案件存在税务机关或者税务人员涉嫌违法违纪行为的；
（三）检举涉税当事人税收违法行为，同时检举税务机关或者税务人员违纪违法行为，线索具体的；
（四）纪检监察部门认为需要实行一案双查的其他税收违法案件。
本《规定》所称重大税收违法案件包括：
（一）虚开增值税专用发票及其他增值税抵扣凭证、偷税、逃税、骗税、抗税达到规定数额标准的案件；
（二）上级税务机关督办的重大案件；
（三）造成重大社会影响的案件。
具体数额及金额标准由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局分别规定，并报监察部驻国家税务总局监察局、国家税务总局稽查局备案。
对重大税收违法案件，稽查部门应当在作出税务处理处罚决定后5个工作日内制作《重大税收违法案件一案双查转交单》（见附件1），连同《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》（或者《税务稽查结论》）以及《税务稽查报告》、《税务稽查审理报告》，经稽查部门主要负责人批准后，通过税收管理信息系统或者其他有效途径，转交所属税务局纪检监察部门。
对稽查部门转交的重大税收违法案件，纪检监察部门应当对随案转交的相关材料进行案头分析，需要时可调阅税务稽查案卷等有关资料，认为存在税务机关或者税务人员涉嫌违纪违法行为的，应当填写《税收违法案件一案双查审批表》（见附件3），报经分管纪检监察工作的税务局领导批准后开展调查。
稽查部门在检查中发现税务机关或者税务人员涉嫌下列行为之一的，应当妥善保存有关证据和材料，并按规定转交所在税务局纪检监察部门：
（一）与不法分子相勾结，虚开、非法买卖发票，偷税、逃税、骗税、抗税的；
（二）为涉案当事人通风报信、提供伪证、说情，影响案件查处的；
（三）隐匿、转移、毁灭证据的；
（四）索取、收受贿赂，利用职务之便为自己或者他人谋取利益的；
（五）侵犯公民、法人和其他组织合法权益等行为的；
（六）经商办企业或者在企业入股分红，以及其他违反规定从事营利性活动的；
（七）违反税收法律、行政法规以及税收征管制度、规定、流程的；
（八）有其他违纪违法行为的。
稽查部门发现税务机关以外的国家机关或者工作人员涉嫌违反税收法律、行政法规或者其他违纪违法行为的，应当将相关证据或者线索转交纪检监察部门，由纪检监察部门依照有关规定移送有权机关处理。
对税务机关发函委托的协查事项，受托方税务机关或者税务人员不按照规定进行协查、反馈协查情况，或者提供虚假情况的，委托方税务机关应当将相关情况或者线索逐级上报至与受托方税务机关共同的上级税务机关，请求上级税务机关调查核实或者责令受托方上级税务机关调查核实，追究相关税务机关或者税务人员责任。
稽查人员在检查中发现税务机关或者税务人员涉嫌本《规定》第五条所列违纪违法行为的情况或者线索的，应当在2个工作日内逐级上报至稽查部门主要负责人；稽查部门应当在3个工作日内填写《税务机关（人员）涉嫌违纪违法问题线索转交单》（见附件2），由主要负责人签报分管稽查工作的税务局领导；分管稽查工作的税务局领导应当在3个工作日内作出是否批准转交的决定，决定批准的，应当在2个工作日内批转纪检监察部门；不批准转交的，应当签署不批准转交的理由。
纪检监察部门在接到稽查部门转交的问题线索后，应当在5个工作日内决定是否受理，并将受理情况反馈给稽查部门。对于不属于本部门管辖范围的，应当及时转交有管辖权的部门，并告知稽查部门。
纪检监察部门对稽查部门转交的问题线索，可征求有关税收业务部门的意见，作为是否调查的参考，并可提请有关部门协助收集、审查、判断或者认定证据。
检举涉税当事人税收违法行为同时检举税务机关或者税务人员违纪违法问题的，一般先由稽查部门实施税务检查，检查结束后，稽查部门应当将检查结果通报纪检监察部门。
检举涉税当事人税收违法行为同时检举税务机关或者税务人员违纪违法线索具体的，稽查部门和纪检监察部门可组成联合检查组，同时进行检查、调查。
稽查部门在税收违法案件检查中，可以提请纪检监察部门提前介入。
纪检监察部门可以提前介入稽查部门正在查处的税收违法案件，对税务机关或者税务人员涉嫌违纪违法行为开展调查。
有证据或者线索证明税务机关或者税务人员涉嫌重大违纪违法行为的，纪检监察部门应当提前介入查处。
上级纪检监察部门可以根据具体工作情况要求下级纪检监察部门开展一案双查，也可以直接或者联合同级稽查部门对下级税务机关查处的税收违法案件开展一案双查。
稽查、纪检监察部门应当遵守保密工作纪律，对所发现的税务机关或者税务人员违纪违法的证据、线索，以及提供线索的稽查人员有关情况，不得泄露、传播。
税务机关应当对提供线索的稽查人员给予鼓励和保护。
稽查、纪检监察部门应当建立一案双查工作沟通联系机制，互相协助、密切配合。
违反《规定》，或者有下列行为之一的，应当追究有关人员的责任：
（一）稽查部门发现税务机关或者税务人员涉嫌失职渎职以及其他违纪违法行为的事实或者线索，隐瞒不报或者销毁有关证据的；
（二）纪检监察部门接到稽查部门转交的证据、线索，无正当理由不调查的；
（三）对提供线索的稽查人员打击报复的。
税务机关其他部门在履行职责过程中，发现税务机关或者税务人员涉嫌违纪违法行为的情况或者线索的，比照本《规定》执行。
各级税务机关应当将一案双查情况纳入工作考核的重要内容。
【常州律师】http://www.lawtime.cn/changzhou
如何推行一案双查（一）加强领导，密切沟通联系。建立案件查办联动机制。稽查、监察、征管、税政等部门要统一认识，加强领导，相互沟通，密切配合，建立案件查办联动机制，形成案件查办的合力。各相关单位要积极支持，共同做好一案双查的各项工作。强调纪律，确保重要环节、关键岗位相互协作、主动作为。形成一案双查工作的合力。
（二）完善机制，明确责任要求。为进一步规范税收执法行为，预防职务犯罪行为的发生，确保各项工作的有效落实，必须健全和完善一案双查工作机制。一是严格责任分工。纪检监察和税务稽查作为“内查”的两个主要牵头部门，既要做好部门之间的紧密配合，又要确保各自的职能得到规范行使，做到主抓不缺位，协抓不越位，不推诿、扯皮，各自发挥应有的作用。二是明确一案双查范围。对上级交办、同级转办、稽查部门查办案件、外部举报中涉及到税务机关和税务人员违反廉政工作纪律的行为以及重大税收违法案件，都应列入一案双查范围。三是查前的联系协调机制。在稽查选案环节要做到认真分析、区别案源情况，凡涉及税务机关和税务人员有违法违纪问题的，需及时与监察部门联系，共同制订检查方案、落实检查人员。四是查中的联合办案机制。开展一案双查，实行稽查局与监察室联合办案。稽查主要检查纳税人偷、逃、骗税等涉税违法问题；监察主要检查税务机关及其税务人员是否有违反党纪政纪条规、不履行或不认真履行工作职责和党风廉政建设责任制规定以及是否有失职、渎职等行为，同时跟踪稽查办案过程，加大对稽查人员执法能力的监督。五是加强查后管理。稽查部门和纪检监察部门要按季召开一案双查工作互动会议，不断改进和完善工作措施。对于“双查”案件，监察部门要定期进行监察回访，重点关注税务人员的执法态度、执法质量和廉洁自律情况，保障一案双查的成果。
（三）是配强人员，提高队伍战斗力。一是配强纪检组长，纪检组长是基层纪检监察工作的排头兵，是双查工作的主要组织协调者，对双查工作起着至关重要的作用。二是配强纪检干部，要将业务熟练、综合素质高、组织原则性强、作风扎实的同志充实到纪检监察部门，使一案双查工作有一支能征善战的队伍，确保检查工作规范、高效开展。三是多方参与。监督检查的部门由以前的监察部门一家改为由监察、征管、税政、法规四部门组成，增强“双查”工作的检查力量，解决由监察部门一家检查所带来的人员少、力量薄弱、税收政策把握不准、业务能力不强、阻力较大等问题，提高工作的质量。四是抓好学习培训。重点组织各级领导干部和纪检监察、稽查、征管、法规、税政等部门以及税收征管一线这三个层面的人员，提高办案人员的执法水平和业务水平，进一步增强工作责任心。五是要充实新鲜力量。优化“双查”人员结构，尽可能把年龄轻、懂业务、会查账、素质高的干部充实到部门，建设上下一体、信息畅通、指挥有力的一案双查队伍。
（四）统一思想，加大监督力度。一是落实领导责任。各基层单位要高度重视一案双查工作，坚持“一把手”负总责，班子成员分工负责，既给纪检监察部门提供独立办案的空间，又要以班子集体协同作战形成齐抓共管的局面，确保一案双查顺利开展。二是打好思想基础。大力宣传一案双查工作的重要作用和意义，使各部门、各岗位、各层面的职工形成统一认识，明白一案双查的目的和意义，打消患得患失的各种顾虑，同时运用工作中的实际案例教育职工树立责任意识、风险意识，排除阻力，积极参与，有效规避税收执法风险。三是扩展监督力量。把各部门负责人纳入专项工作小组，在宣传教育、监督查办上形成整体合力；发挥稽查及各兼职监察员在一案双查中的联系和监督作用，把兼职监察员作为联系点串联起来，构筑一案双查的信息交换平台。
（五）拓宽渠道，严格责任追究。一是纪检监察部门要实施全方位监察，通过到企业走访、到群众中座谈、发放调查问卷、听取企业情况反馈、抽查稽查案卷、实地调查和个别约谈等方式，多方面了解税务干部依法行政、廉洁自律等方面的情况，确保监察的客观性。二是注重开展案例剖析和问题反思，针对案件反映出税收管理中的不足和问题，深入分析根源，及时改进提高，减少失职渎职行为。三是建立健全一案双查工作的责任追究制度，坚持将一案双查工作和执法责任追究结合起来，将一案双查工作列入目标管理考核中，严格按照有关规定对相关人员进行责任追究，对应查的项目不查，或对发现的问题隐瞒不报、不如实报告，以及对该移送的案件线索不按规定移送等问题，要按规定严格追究责任，对确定存在执法过错应当追究责任的，由稽查或税政法规等部门按照有关规定进行处理；对确定存在违法违纪行为应当给予党纪和政纪处分的，由纪检监察部门依据法律、法规和党纪规定进行处理，情节严重的，移交司法部门追究其刑事责任。四是对一案双查工作中执行不力或不认真履行工作职责的部门，视其情节轻重给予通报批评或追究相关人员的责任，以促进“双查”工作全面到位。