依据《中华人民共和国发票管理办法》规定：
第二十二条 开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
第三十五条 违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：
（一）应当开具而未开具发票，或者未按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性开具发票，或者未加盖发票专用章的；
但是，根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令第25号）规定：“第二十八条 单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致，并在发票联和抵扣联加盖发票专用章。”
综上所述，增值税发票抵扣联上盖了一个章不清晰或者盖错了，建议作废重开。不管是否合理，但是从财务管理的角度来说，严一点还是不会有错的！