税法规定，一般纳税人在生产经营过程中所支付的运输费用并取得运费结算单据的，允许按运费金额的7%计算抵扣进项税额。涉及固定资产、免税货物的除外。
目前，纳税人取得的运费结算单据分以下七类：
航空运输、管道运输、海洋运输、公路运输、内河运输、联运。其中：公路运输、内河运输、联运等三类发票已实行全国统一票样，统一套印发票监制章，统一使用税控收款机开具。对铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输，目前暂未实行全国统一。
一些特别的规定：
铁路运费可以抵扣的范围是各种运营费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）和铁路建设基金。不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费。
对国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
对取得的票面项目填写不齐全的运输发票(附有运输清单的汇总开具的运输发票除外)不得计算抵扣进项税额。
中国铁路包裹快运公司的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可以计算抵扣进项税额。但《中铁快运包裹票》不能够抵扣。
对采取邮寄方式销售、购买货物所支付的邮寄费，不允许计算进项税额抵扣。
纳税人应正确理解掌握上述规定，避免不必要的违法行为发生。
根据实践来看，主要有以下方面的问题：1、由个体户（个人）承运，取得的货运发票被证实为虚开或代开。
由于个体运输需具备的条件较低，相对于正规的运输公司价格低廉，且上门推销的较多，一些企业就接受了这些个体车辆的运输劳务。然而提供发票时，这些个体运输户却通过支付手续费违法取得发票后提供给接受劳务的企业。2、与货运代理公司签订的合同，取得的却是非实际承运的运输单位的运输发票。
有的小型货代公司本身没有运输能力，为了降低成本，接到业务后不委托给正规的货运公司，而是随意叫一些个体运输户运输，一旦受票企业要求取得可以抵扣的货运发票，货代公司便到其他运输公司代开发票。3、与货物运输公司签订的合同，但取得的却是其他运输公司的发票。
有的运输公司本身没有合法经营资格，承运货物后，在受票企业要求其提供发票结帐时，往往提供非法的代开发票；或者由于运输公司认为自己开票所需承担的税费高于去代开发票支付的费用，因此，有的运输公司往往以其他公司的名义去代开发票交与受票企业。4、受票企业在购货过程中，由供货方代办运输，代垫运费，但供货方转交的确是虚开的货运发票。5、同时，有的企业没有货物运输业务，但出于抵扣税款和成本费用列支的考虑，以支付一定手续费用的形式购买运输发票，既抵扣了税款，又列支了成本费用。
由于运输发票已实行全国联网交叉稽核比对，因此，虚假的货物运输发票，对纳税人而言，就像是一颗颗定时炸弹，一旦爆炸，纳税人将面临补税、罚款甚至追究刑事责任的处理。同时，相关的运费金额不得在税前作为成本、费用列支，对外资企业甚至会涉及调整获利年度。
最关键的一点，一个不良的纳税记录将对纳税人的形象造成重大影响。
因此必须增强防范意识，提高规避风险的能力。1、纳税人要与合法经营，有良好资质、信誉的单位开展运输业务，切不能只贪图便宜，对有疑点或初次接触的运输单位或个人，应注意核对其营业执照、税务登记证件、运营资格证书等相关证明文件。2、纳税人在经营过程中，要注意保护自身的利益，如签订书面运输合同、查看对方完税凭证、采用银行转帐付款、做到票、货、款一致。3、对个人提供运输劳务的，要特别慎重。按规定，个人所提供的运费发票必须要有税务机关或中介机构的代开发票专用章，而且一份发票要对应一份完税凭证。4、纳税人在接收运费发票时，要对发票的票面内容进行充分审核。对公路、内河货物运输发票，目前主要有以下规定：
①必须全部使用税控收款机开具，不得手写；②发票上的机打代码、机打号码与纸质发票的代码、号码一致；③货运发票的实际受票方或抵扣方的纳税人识别号前打印＋号标记，该纳税人识别号必须为接收运费发票的企业的实际税号；④发票上的运费和其他费用要分别注明。
物流企业有哪些税务风险需注意1．混淆收入类别。
《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）规定，一般纳税人从事交通服务应按11%的税率纳税，从事物流辅助服务按6%的税率纳税。同时，该文件规定：“交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务”。有的物流企业，故意混淆收入类别，将交通运输业务申报为物流辅助服务业务，少缴纳增值税，造成企业的税负明显偏低，甚至长期留抵税款。
2．发票开具错误。
《发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十一条规定，专用发票开具应项目齐全，与实际交易相符。但有的物流企业利用客户多是零星货物运输，金额不大，不会较真的心理，或是利用客户对税法不了解，以为零星货物运输就是物流辅助服务，未按规定开具发票，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目，造成虚开发票风险。
3．收入核算不准确。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。因此，物流企业需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。但是，有的物流企业未分别核算不同业务营业额，而是将收取的包括快递费、运费在内全部或大部分，作为收派服务申报纳税。
4．隐瞒销售服务。
一般而言，快递费由收件费、运输费和送件费等组成，快递费则是一次性收取，需要快递总公司与加盟商结算收派费用。由于加盟商纳税人的身份问题，一般纳税人采用简易计税办法计税，导致部分快递企业难以获得增值税专用发票抵扣或者获得的增值税专用发票抵扣不足，于是，一些纳税人干脆采取隐瞒销售服务，与加盟商结算时实行账外结算。
5．进项税额核算不完善。
物流企业既有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。但是，有的物流企业未将进项税额合理划分，存在多抵扣进项税额的风险。
税务风险的防范措施有哪些在实践中，税收事务中也存在着风险，那么税务风险的防范措施有哪些?阅读完以下内容，一定会对您有所帮助的。 依法纳税是每个公民组织、公民的法定义务，而在现代企业中，企业越来越重视对税收筹划的管理，税收影响着企业未来的发展。如果不重视对税收风险的预防可能会产生些难以预料的后果。那么税务风险的防范措施有哪些呢?下面跟着一起了解一下吧!一、税务风险的防范措施有哪些 税务风险防范主要有以下措施: 一是树立风险防范意识。首先，企业自身应做到依法诚信纳税，建立健全内部会计核算系统，完整、真实和及时地对经济活动进行反映，准确计算税金，按时申报，足额缴纳税款，健康参与市场竞争。其次，在对外签定各种经济合同时，要严格审查对方当事人的纳税主体资格和纳税资信情况，防止对方当事人转嫁税务风险;对合同条款要认真推敲，防止产生涉税歧义和误解，尽量分散税务风险。 二是提高企业涉税人员的业务素质。企业应采取各种行之有效的措施，利用多种渠道，帮助财务、业务等涉税人员加强税收法律、法规、各项税收业务政策的学习，了解、更新和掌握税务新知识，提高运用税法武器维护企业合法权益、规避企业税务风险的能力，为降低和防范企业税务风险奠定良好的基础。 三是树立正确的纳税意识和税务筹划风险意识，在依法纳税的前提下开展税务筹划。在强调对企业税务筹划人员的培训外。也应对企业的高层管理人员进行培训，对企业高层管理人员灌输 正确的纳税理念，使之破除以往把税务事宜只看作是财务部门工作的陈旧观念，树立全员参与、全员控制的新思维，积极理解支持财务部的工作。
四是密切关注税收法规政策的变化，树立法治观念，避免筹划手段选择上的风险。税务筹划的规则决定了依法筹划是税务筹划工作的基础。严格遵守相关税收法规是进行筹划工作的前提，一项违法的税务筹划，无论其成果如何显著，注定是要失败的。面对这种风险，企业一定要熟悉税收法规的相关规定，掌握与自身生产经营密切相关的内容，选择既符合企业利益又遵循税法规定的筹划方案。 五是评估税务筹划风险，定期进行纳税健康检查。评估税务筹划风险就是企业对具体经营行为涉及的纳税风险进行识别并明确责任人，这是企业税务筹划风险管理的核心内容。在这一过程中，企业要理清自己有哪些具体经营行为，哪些经营行为涉及纳税问题，这些岗位的相关责任人是谁，谁将对控制措施的实施负责等。此外，还应定期进行纳税健康检查，消除隐藏在过去经济活动中的税务风险，发现问题，立即纠正。 六是坚持成本效益原则。税务筹划可以达到节税的目的，使企业获得一定的收益。但是，无论是由企业内部设立专门部门进行税务筹划，还是由企业聘请外部专门从事税务筹划工作的人员，都要耗费一定的人力、物力和财力，而这些可能完全是出于税收方面的考虑，而非正常的生产经营需要。所以，税务筹划与其他管理决策一样，必须遵循成本效益原则。只有当税务筹划方案的收益大于支出时，该项税务筹划才是正确的、成功的。 七是加强和中介组织的合作。税收问题先天具有的专业性、复杂性、实效性使得企业仅凭自己的力量往往很难应付，企业的税务筹划人员往往不能全面地掌握企业发生的所有业务涉及的税收政策，特别是企业在发生特种业务时，税收政策可能规定得不明确，企业又不愿意或不便与税务机关沟通，所以，寻找一个专注于税收政策研究与咨询的中介组织显得十分必要。中介组织还可以作为企业税收风险的外部监控人，代为承担企业内部审计部门的一部分职责，更好、更专业地监督、发现企业的税收风险并提供解决方案。 最后，还要搞好税企协调。由于某些税收政策具有相当大的弹性空间，税务机关在税收执法上拥有较大的自由裁量权，现实中企业进行的税务筹划的合法性还需要税务行政执法部门的确认。在这种情况下，企业特别需要加强与税务机关的联系和沟通，争取在税法的理解上与税务机关取得一致，特别在某些模糊和新生事物的税收处理方面，要能得到税务部门的认可。二、税收风险的产生原因 (一)企业所处宏观环境诱发税务风险 企业外部税务风险因素主要有，经济形势和产业政策，适用的法律法规和监管要求，市场竞争和融资环境，税收法规或地方法规的适用性与完整性，行业惯例，上级或股东的越权及违规行为等。具体来讲，经济环境、政策和法规环境、执法环境发生变化，以及社会意识、税务执法等都会造成一定的税务风险。 为保持经济持续发展，在相当长一段时间内，我国税收政策、法规等将会不断调整和更新，在对财务、税收知识进行理解、认知、掌握和运用过程中，企业财务人员难免因为对新出台的政策理解出现偏差而给企业带来风险;不同税务执法机构和人员对同一企业的同一涉税行为的判断和裁定往往存在不同看法，尤其在我国正处于经济社会转型时期，税务机关在涉税实务中具有的自由裁量权，会给企业造成一定的税务风险可能性。 (二)企业生产经营管理中存在税务风险 企业内部税务风险因素主要包括:经营者税务规划及其对税务风险的态度，企业经营理念与发展战略，经营模式或业务流程，部门间的权责划分与相互制衡，税务风险管理机制的设计与执行，企业信息的基础管理情况，财务状况和经营成果，对管理层的业绩考核，监督机制有效性等。当前，企业管理者涉税意识有待加强、财务工作者业务水平偏低、内部审计不健全、内部控制制度不完善，以及近年来税务代理服务的出现，都是企业在微观上所面临税务风险的主要因素。 企业经营过程中，管理者对经营状况了解有限以及对税务筹划理解扭曲，导致企业涉税行为出现偏差;财务人员具备过硬的专业知识和业务水平，是保证涉税资料真实、科学、合法的重要砝码，也是企业正确进行税务风险管理的基础，如果财务人员工作失误过多，企业便会遇到较大的税务风险;企业内审是否健全，关系到税务风险水平的高低，内部审计工作失效会增加企业税务风险，同时极易造成企业非蓄意的税收违规行为;内部控制制度不完善也会给企业带来深层次的涉税缺陷;税务代理机构鱼龙混杂，业务人员能力有限、素质偏低的现状，使得多数代理机构服务只局限于代理纳税申报、发票领购、小型业户的建账和记账等简单的事务性工作，对企业税收筹划和咨询等较为复杂的代理业务则较难开展。