这个要具体分析对待，一般来说有专票，按专票，没有的话，计算抵扣
从一般纳税人处取得专用发票。购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额0.9万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为0.9万元。当然，如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，还能加计抵扣1%。
从小规模纳税人处取得专用发票。根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣?各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10+0.3-0.9=9.4万元。
向农业生产者个人购进的自产农产品，可以凭自行开据的农副产品收购发票计算抵扣进项税。农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产农业免税产品时，由付款方向收款方开具的发票。农户销售自产农产品免征增值税，企业在开具收购发票的时候也是免税开具。开具收购发票在“发票管理-发票填开”处选择“收购发票填开”。如果此处没有“收购发票填开”项目，则需要到主管税务机关进行申请。开具收购发票应当注意：收购发票上的销售方(农户)，要与购销合同上的销售方一致，销售方确实是给企业提供货物的人。企业给销售方支付货款时，收款人姓名应该与销售方名称一致。即保证业务真实性。
农产品生产单位销售自产农产品或向农民专业合作社销售的农产品以及采取“公司+农户”经营模式销售的农产品，都是免征增值税，可以开具免税的农副产品销售发票。作为购买方虽然索取的是免税的增值税普通发票，但仍然可以根据发票金额计算抵扣增值税。可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
免税农产品普通发票怎么抵扣法律分析：可抵扣进项税额的凭证：（一）增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书（二）农产品收购发票或销售发票。
不得抵扣进项税额的凭证：（一）批发、零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票。
免征蔬菜2、部分免税鲜活肉蛋产品（二）小规模纳税人开具的增值税普通发票法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；（三）稿酬所得；（四）特许权使用费所得；（五）经营所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。
纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
购买农产品的增值税怎么抵扣是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。
农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%。
购进农产品进项税的扣除规定是： 1、一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣； 2、海关进口增值税专用缴款书。
企业购进进口原辅材料的，可以按海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣； 3、向农业生产者购进的自产农产品，可以凭农副产品收购发票或自产农副产品销售发票抵扣进项税额。
可以开具农产品免税发票有什么情形 1、农业生产者销售的自产农产品； 2、农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品； 3、采取“公司+农户”经营模式销售畜禽； 4、制种企业在定点生产经营模式下生产销售种子； 5、对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜； 6、从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。
增值税的征收范围有哪些？ 1、营业税改增值税主要涉及的范围是交通运输业以及部分现代服务业； 2、交通运输业包括：陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输； 3、现代服务业包括：研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、有形动产租赁服务、鉴证咨询服务。
综上所述是小编对购买农产品的增值税怎么抵扣做出的相关回答，希望可以帮助到您 【法律依据】： 《中华人民共和国增值税暂行条例》 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣： （一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。
进项税额计算公式： 进项税额＝买价×扣除率 （四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。