染整扫描仪只扫描识别税控机打印出来的信息，与发票章上的盖章信息无关，所以抵扣是没有问题的，但是如果局来查，发现收到的发票上的发票专用章改的不清楚的话，还是会进行询问的，不过如果可以说明情况就例外，可以让对方单位出具一个证明，其他的认证问题不是很大， 因为现在的税务系统都是联网的，做假的发票可能性不大。
开的增值税发票上的章盖不清楚:
可以重新加盖一个清楚的章。
可以在发票的反面盖章。
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。