税务是否有风险，视情况而定：
第一，总公司在发放分公司人员工资并代扣个税后，直接计入总公司成本费用未要求分公司支付的，符合税法规定，不存在税务风险。
第二，总公司在发放分公司人员工资并代扣个税后，再在要求分公司将总公司代发的工资额和代缴的个税支付给总公司，则又有两种情况：
一是如果总公司与分公司由同一地区的同一税务所管辖，也没有税务风险；
二是如果总公司与分公司不在同一地区、或虽在同一地区但由不同的税务所管辖，则存在税务风险，即未按税法规定的属地原则纳税，有可能被有管辖权的税务机关检查并予以税务处罚。
人力成本集中在总部核算，对总部利润没有影响，但分公司的利润却相对增加了，这是企业核算管理问题，没有风险。