农产品自产自销，可以按照发票上注明的销售额的13%扣除率计算进项税额进行抵扣。
财税规定，批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
农业生产者销售自产免税农产品(包括农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品)，开具的普通发票仍然按照13%的扣除率计算抵扣进项税额。
企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具;或者，可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。
无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以作为进项税额抵扣凭证。
农民专业合作社和农业企业等，销售自产的农产品时，可以开具免税的农副产品销售发票。
因此，购进企业向这类农业生产的组织和企业采购农产品，应积极索取合规的发票，以作为进项税额抵扣的凭据。
农副产品收购发票或自产自销农副产品销售发票，可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
法律依据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。
进项税额计算公式：进项税额＝买价×扣除率（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
购进免税农产品可以抵扣进项税吗免税农产品可以抵扣进项税。免税的农产品可抵扣进项税的方法如下：1、从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；2、进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；3、从按照简易计税方法依照百分之三征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和百分之十一的扣除率计算进项税额；4、取得农产品销售发票的，以农产品销售发票上注明的农产品买价和百分之十一的扣除率计算进项税额；5、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和百分之十一的扣除率计算进项税额；6、农产品进项税额核定扣除，按照产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法规定，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额，而是根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额；7、加计扣除，营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工百分之十七税率货物的农产品维持原扣除力度不变。凭票扣除农产品进项税额时，扣税种类有增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品销售发票和农产品收购发票，需要注意的是农产品销售发票和收购发票作为扣税凭证，仅限于纳税人从农业生产者购入的自产免税农产品，自开的农产品收购发票或农业生产者开具的销售发票，其它情况下，一律以增值税专用发票作为扣税凭证。【法律法规】《中华人民共和国增值税暂行条例》第五条 纳税人发生应税销售行为，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额等于销售额乘以税率
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外购免税农产品进项税额如何抵扣针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：一、购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。
例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
（1）如直接销售，抵扣进项税＝10000×9%＝900元，该批水果成本=10000-900=9100元；（2）如进一步加工13%的产品，抵扣进项税＝10000×10%＝1000元，该批水果成本=10000-1000=9000元。
取得一般纳税人开具9%专票或海关9%进口缴款书，一般情况凭票抵扣9% ，深加工13%产品计算抵扣10%。
例2：从水果经销商（一般纳税人）处购入水果一批，取得增值税专用发票注明价款 10000 元，增值税 900 元。
（1）如直接销售，抵扣进项税＝10000×9%＝900元，就是票面注明的税额 ；该批水果成本=票面的不含税金额10000元；（2）如进一步加工13%的产品，抵扣进项税＝10000×10%＝1000元 ，该批水果成本=价税合计金额10900-进项税额1000=9900元。
取得简易计税小规模纳税人开具3%专票计算抵扣9%（发票不含税金额×9%），深加工13%产品计算抵扣10%。
例3：从水果经销商（小规模纳税人）处购入水果一批，取得增值税专用发票注明价款 10000 元，增值税 300 元。
（1）如直接销售，抵扣进项税＝10000×9%＝900元 ，该批水果成本=价税合计金额10300-进项税额900=9400元；（2）如一步加工13%的产品，抵扣进项税＝10000×10%＝1000元，该批水果成本=价税合计金额10300-进项税额1000=9300元；（3）如取得的是增值税普通发票，则不允许抵扣进项税，该批水果成本=价税合计金额10300元。
从批发零售环节购进免税蔬菜、部分鲜活肉蛋取得普通发票不得抵扣进项。
（因为本身免税了，只能开普票，进项自然也不能抵扣）。
法律依据《增值税暂行条例》第八条规定，纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式：进项税额＝买价×扣除率（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式：进项税额＝运输费用金额×扣除率准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税（2008）第081号）规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。