三证合一公司注销的程序是：
成立清算组，清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告;
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告;
公司申请注销登记，登报公告;
经公司登记机关注销登记公告后，公告公司终止。
【法律依据】
根据《公司法》第一百八十八条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
三证合一企业怎么注销首先，办理纳税人携带注销税务登记资料到当地的办税服务厅提交注销申请，领取填写《清税申报表》，若是在当地有缴纳 企业所得税 的纳税人还须填制《中华人民共和国企业 清算所得税 申报表》(以及附表)。
该部门人员核对各项资料之后将其推送到相关的注销检查的相关职能部门，同时将该纳税人的清税申请信息提交给主管的地方税务局。
其次，税务检查部门在确定申请纳税人没有重大的违法行为之后，将检查报告发回给办税服务厅。
办税服务厅将国税部门的检查结果录入税收征管系统，之后传递到主管的地税局，并且通知该申请的纳税人将存在的应纳税款、多退(免)税款和滞纳金、罚款等款项全部结清。
纳税人携带发票领购簿、未开具的空白发票与税控设备到办税服务厅，窗口工作人员把已经开具的发票验旧、没有开具的发票缴销、收回发票的领购簿和税控设备，来确保票款两清无遗漏。
最后，部门税务人员按照国税、地税的清税结果，确认纳税人已结清所有税务事项之后，把纳税人在税收征管系统内的信息做注销处理，并且向纳税人出具《清税证明》，此证明为一式三份，纳税人一份，其可以凭《清税证明》去办理工商登记注销。
税务机关将同时将清税信息推送到工商、质检、国税喝地税等相关部门的信息共享交换平台中。
已取得“三证合一、一照一码”企业的税务注销流程就此结束。
至于纳税人签署的委托划款协议、防伪税控等服务单位之间的业务往来，只要纳税人在税务局注销了税务登记，就不需要再与服务单位交涉了。
三证合一后怎么办理企业注销？三证合一改革后，纳税人办理注销税务登记需提供的资料和流程和之前一样，并没有太大的改动
企业注销流程
登报
在公司清算期间即可登报公示，需要在当地工商局认可的报纸进行登报，内资企业只需登报一次，外资企业需要登报3次。最好选择日报进行公示，注销公告至少需要公示45天
注销社保
社保局会核查公司是否存在欠缴情况。通过后领取《社保注销通知单》
注销国、地税
自公司宣告终止之日起15日内，公司需向原税务登记机关申请办理税务注销
到工商局办理公司注销备案
登报公示45天后，可以去公司登记的工商局办理公司注销备案，注销公司营业执照
注销银行账户
前往公司开户行注销公司的开户许可证和银行基本户等其他账户
注销印章
前往公司印章登记的公安机关注销掉公司印章的法律效应
注：非公司制企业比如合伙企业，办理营业执照注销时需要同时将印章交予工商部门，而公司制企业注销印章是销掉公司印章的法律效应，印章可以自己保留或自行销毁
扩展资料：
申办注销公司材料
公司清算组负责人签署的《公司注销登记申请书》
公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》及指定代表或委托代理人的身份证复印件;应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限
清算组成员《备案确认通知书》
依照《公司法》作出的决议或者决定;法院的裁定解散、破产的，行政机关责令关闭的，应当分别提交法院的裁定文件或行政机关责令关闭的决定。因违反《公司登记管理条例》有关规定被公司登记机关依法撤销公司设立登记的，提交公司登记机关撤销公司设立登记的决定
经确认的清算报告
刊登注销公告的报纸报样
行政法规规定应当提交的其他文件;有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明
公司的《企业法人营业执照》正、副本
参考资料来源：百度百科—公司注销
参考资料来源：百度百科—公司注销程序