代扣代缴手续费是企业所缴纳的劳务费用之一，适用于增值税一般纳税人，应当计入销售额，以及纳入增值税纳税申报表的附表一的第一栏（销售额及税额汇总表）中。
具体操作流程如下：
在填写增值税纳税申报表附表一的第一栏时，需要在“应税项目信息”栏目下填写劳务费用总额及纳税比例、应税销售额等信息。
如果企业是以月为单位申报增值税，那么代扣代缴手续费的金额应该在当期的销售额中计算，并在当月的增值税申报表中予以申报。
如果企业是以季度为单位申报增值税，那么代扣代缴手续费的金额应当在所属季度内的销售额中计算，并在季度申报表中予以申报。
在申报增值税时，企业还需要注意代扣代缴手续费是否是符合税法规定的税前扣除项目。如果符合规定，可以在计算企业所得税时予以扣减。