个体户自然人扣缴系统需要通过以下步骤完成申报：
登录国家税务总局网站，点击个体工商户自然人扣缴系统申报入口，进入申报页面。
选择申报方式，可以选择网上申报或者纸质申报。
填写申报表，按照系统提示填写纳税人基本信息、所得信息、申报方式、缴纳方式等相关信息。
提交申报表，当申报表填写完成后，点击提交按钮，系统会生成申报结果。
缴纳税款，根据申报结果确认自己需要缴纳的税款，选择缴纳方式进行缴税。
打印申报表和缴税凭证，根据系统提示打印电子申报表和缴税凭证，保存好相关证明文件。
以上就是个体户自然人扣缴系统申报的具体步骤，如果在申报过程中遇到问题，可以咨询当地税务机构或者拨打国家税务总局服务热线进行咨询。