纳税人同样通过国家税务局网站，进入“网上办税”栏目，输入用户名和密码(用户名是纳税人识别号，密码是纳税人注册时自行设定的密码)。
点击“申报征收”——>点击“小规模纳税人增值税”下面的“进入申报”按钮——>输入申报所属时期，点击“进入申报”——>在申报表界面中输入申报数据——>点击“计算”——>核对数据无误后点击“提交”。系统提示申报成功，用户即完成了本次申报的全部操作。
接下来，纳税人可以点击“打印申报表”(也可以后再打印)，也可以点击“现在去缴税”完成税款的缴纳，具体步骤如下：
进入“网上缴税”页面后，显示企业当前待处理税款列表，在“待处理税款”一列可以查看到某个税种的欠税数额明细。纳税人选择本次希望清缴的一行，点击“清缴税款”按钮，系统将自动扣缴税款。系统提示缴税成功，用户即完成了本次税款缴纳的全部操作。