根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管增值税发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（以下简称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证。
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。增值税发票丢失处理方法1、首先要到办税厅领取并填写《发票挂失/损毁报告表》，并且要在报纸上刊登遗失声明，申请主管税务局出《丢失增值税专用发已报税证明单》。2、等待受理审核。办税服务厅申报征收岗受理审核纳税人提交的资料。符合条件的，当场受理办理。资料不全或者填写内容不符合的，需重新补正或填报。3、开具。纳税人提供资料符合条件的，办税服务厅申报征收岗即时开具丢失专用已抄报税证明单。