1．混淆收入类别。
《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）规定，一般纳税人从事交通服务应按11%的税率纳税，从事物流辅助服务按6%的税率纳税。同时，该文件规定：“交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务”。有的物流企业，故意混淆收入类别，将交通运输业务申报为物流辅助服务业务，少缴纳增值税，造成企业的税负明显偏低，甚至长期留抵税款。
2．发票开具错误。
《发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序和栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十一条规定，专用发票开具应项目齐全，与实际交易相符。但有的物流企业利用客户多是零星货物运输，金额不大，不会较真的心理，或是利用客户对税法不了解，以为零星货物运输就是物流辅助服务，未按规定开具发票，将“运输服务”项目开具为“物流辅助服务”项目，造成虚开发票风险。
3．收入核算不准确。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）规定，一般纳税人的收派服务可以选择适用简易计税方法计税。因此，物流企业需要将简易计税项目与一般计税项目分开核算，分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。但是，有的物流企业未分别核算不同业务营业额，而是将收取的包括快递费、运费在内全部或大部分，作为收派服务申报纳税。
4．隐瞒销售服务。
一般而言，快递费由收件费、运输费和送件费等组成，快递费则是一次性收取，需要快递总公司与加盟商结算收派费用。由于加盟商纳税人的身份问题，一般纳税人采用简易计税办法计税，导致部分快递企业难以获得增值税专用发票抵扣或者获得的增值税专用发票抵扣不足，于是，一些纳税人干脆采取隐瞒销售服务，与加盟商结算时实行账外结算。
5．进项税额核算不完善。
物流企业既有简易计税方法业务，又有一般计税方法业务。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。但是，有的物流企业未将进项税额合理划分，存在多抵扣进项税额的风险。
公司税务风险有哪些法律分析：企业税务风险主要包括两方面: 一方面是企业的纳税行为不符合税收法律法规的规定,应纳税而未纳税、少纳税,从而面临补税、罚款、加收滞纳金、刑罚处罚以及声誉损害等风险。 另一方面是企业经营行为适用税法不准确,没有用足有关优惠政策,多缴纳了税款,承担了不必要税收负担。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》
凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。
纳税人申报办理税务登记，应提出申请登记报告和有关批准文件，同时提供有关证件。主管税务机关对前款报告、文件、证件审核后，予以登记，发给税务登记证。税务登记证只限纳税人使用，不得转借或转让。税务登记的内容包括：纳税人名称、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式、经营范围以及其它有关事项。
物流企业税收筹划存在的风险有哪些？您好！很多物流企业选择以转包的方式把自己的业务交给网络货运平台，以此获取9%的运输进项。但值得注意的是，此种方式的操作是一定要注意控制风险。
最大的风险就是不规范平台带来的虚开风险，有企业说我们就是把真实的订单给到了平台企业，他们会帮我们录单，票都是真实的。但你的业务真实，不代表你获取的发票就一定没有风险。 这个问题我们分三种情况来看。
一是支付方面：事前已支付司机运费了，通过网络货运平台走账回到私账，会有巨大的个人所得税涉税风险和xiqian风险。
二是业务层面，《办法》中要求平台进行全过程、透明化、实时jiankong和动态管理。如果后补录单，即便用司机APP接单，如果司机不实时操作，那司机实际运输时间、轨迹和平台业务时间、轨迹无法匹配，也属于异常情况，平台操作过程要注意货主实时下单，司机实时接单。所有运输参与方实时维护节点信息，才真正规避虚开风险，即便大部分网络货运平台企业再三强调自己是五流合一，但也请注意甄别。
平台是否合规可以基于几方面来做判断，一是平台是否和司机签订合同，二是订单补录还是实时下单，三是司机是否通过APP做运输执行操作，并通过APP来收取运费。最后一点是你的业务真实，不代表你的数据不被作为其他人卖票的税收依据，有很多这类企业为了迎合《办法》的要求，会购买真实的轨迹来做税收依据，当一个轨迹在国家监测平台出现两个订单时，总是会被卷入虚开调查中。
除了不规范平台带来的虚开风险之外，第二个风险就是税收外流带来的地方税务稽查风险。
如果企业把所有业务都委托给网络货运平台，那么企业营业收入再大，但在税收贡献上是非常小的，一般来说，税负变动异常，税负率长期低水平状态也是很容易引起税务机关注意的。
第三个风险是：目前很多物流企业为了控制风险，会选择三四个平台来合作，以为鸡蛋放在多个篮子里更安全，但实际情况是多个篮子意味着多个风险点的叠加，而且在平台选择上也加大了困难。
第四个风险就是支付上采用银企直连带来的资金风险，因为网络货运平台企业在实际合作中大部分只是财税合作，并未实际进行司机调度和运输服务，因此都是给把平台账号给到企业，由企业自己调度并进行系统操作，因为要符合网络货运的规定，从法务上合规，一般在支付时采取银企直连的方式，钱要先充到平台的子账户，实际此账户虽然时企业的名字，实则为平台公司账户，倘若平台突然关闭，会存在重大的资金风险。因此在选择平台时一定要对平台企业在技术、运营、信用、实力等方面进行全方位的考察，谨慎选择。同时物流企业一定要基于自己的实际业务情况，综合考虑，做好税务结构的规划，合理合法合规的进行税筹。
以上是我的回复，希望对您有帮助。