单位办理社保缴费三方协议的流程如下：
单位与银行签订协议：单位需要与公司授权的财务人员前往银行签订三方协议；
开户：单位需要在银行开通专门的缴费账户；
办理授权委托书：在银行开户后，单位还需要向社保卡服务机构提交授权委托书；
纳入个人账户：社保卡服务机构会将单位开户后办理的授权委托书提交到社保中心，确保单位员工的社保缴费纳入他们各自的个人账户。
需要注意的是，具体流程和操作细节可能因地区和银行不同而存在差异，需要核实当地相关规定和流程要求。同时，首次办理社保缴费三方协议时，可能需要一些时间和一些必要的手续费用，单位需提前做好准备。