法律分析:退税流程为：1,有关证件的送验及登记表的领取。
企业在取得有关部门批准其经营出口产品业务的文件和工商行政管理部门核发的工商登记证明后，应于30日内办理出口企业退税登记。
2，退税登记的申报和受理。
企业领到“出口企业退税登记表”后，即按登记表及有关要求填写，加盖企业公章和有关人员印章后，连同出口产品经营权批准文件、工商登记证明等证明资料一起报送税务机关，税务机关经审核无误后，即受理登记。
3，填发出口退税登记证。
税务机关接到企业的正式申请，经审核无误并按规定的程序批准后，核发给企业“出口退税登记”。
4，出口退税登记的变更或注销。
当企业经营状况发生变化或某些退税政策发生变动时，应根据实际需要变更或注销退税登记。
法律依据:《中华人民共和国税收征收管理法》 第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款,税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的,可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息,税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的,依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
企业所得税退税流程怎么操作企业所得税退税流程如下：1、准备所需资料：企业需要准备好相关的税务申报表、纳税证明、发票等资料；2、填写申请表：企业需要填写所得税退税申请表，注明退税金额、退税原因等内容；3、提交申请表和资料：企业需要将填好的退税申请表和相关资料提交到当地税务局；4、审核：税务局会对企业的申请表和资料进行审核，如有问题会要求企业补充或修改相关资料；5、批准退税：审核通过后，税务局会批准企业所得税退税；6、领取退税款：企业可到当地税务局领取所得税退税款，或者选择到银行开设税收优惠账户，由税务局将退税款直接打入账户中。
公司缴税需要的资料如下：1、公司登记证明：包括工商营业执照、税务登记证等证件。
财务会计资料：包括会计账册、财务报表等。
员工信息：包括员工的社会保险、个人所得税等纳税信息。
合同协议：包括公司与客户、供应商等签订的合同、协议等。
购销票据：包括增值税发票、收据等票据。
税控设备：企业需要购买税控设备，包括税控盘、税控发票印章等。
纳税申报表：企业需要按照规定填写纳税申报表，包括增值税纳税申报表、企业所得税纳税申报表等。
综上所述，农业公司的税务管理需要严格按照国家税收法规和当地税务部门的要求进行，避免出现纳税不足或逃税等问题，以免受到税务部门的处罚。
【法律依据】：《中华人民共和国企业所得税税前扣除办法》 第九条 纳税人必须将经营活动中发生的成本合理划分为直接成本和间接成本。
直接成本是可直接计入有关成本计算对象或劳务的经营成本中的直接材料、直接人工等。
间接成本是指多个部门为同一成本对象提供服务的共同成本，或者同一种投入可以制造、提供两种或两种以上的产品或劳务的联合成本。
直接成本可根据有关会计凭证、记录直接计入有关成本计算对象或劳务的经营成本中。
间接成本必须根据与成本计算对象之间的因果关系、成本计算对象的产量等，以合理的方法分配计入有关成本计算对象中。
退税流程怎么操作企业所得税企业所得税退税流程如下：1、企业在缴纳了所得税后，发现多缴纳了税款，可以向税务机关提出“企业所得税退税”申请；2、企业需要准备相关材料，包括退税申请表、企业所得税纳税申报表、财务报表、发票等证明材料；3、企业将准备好的材料提交给当地税务机关，等待审核；4、税务机关审核通过后，会将应退税款退回到企业指定的银行账户。
退税需要以下资料：1、填写好的退税申请表，包括企业名称、税务登记证号码、退税事由、退税金额等相关信息；2、企业的营业执照、税务登记证、组织机构代码证等相关证件；3、产品出口的相关证明材料，如出口发票、海关单据、运输单据等证明企业出口的货物和服务的证明材料；4、税务机关要求的其他证明材料，如进口证明、合同、发票等；5、开户行的相关信息，如银行账号、开户行名称、开户行地址等，以便退税款项的转账。
综上所述，企业所得税退税需要遵循相关法律法规，准备充分的证明材料，并在规定时间内向当地税务机关提出申请。
如果申请审核不通过，企业可以向上级税务机关申诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
【法律依据】：《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条纳税人销敬薯超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。