法律分析：农业合作社享受免税需要去税务机关备案。办理程序是：在税务机关填《纳税人减免税备案登记表》，符合条件即可即时办结。
法律依据：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》 第八十六条 企业所得税法第二十七条第（一）项规定的企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税，是指：（一）企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：
谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；
2．农作物新品种的选育；
3．中药材的种植；
4．林木的培育和种植；
家禽的饲养；
6．林产品的采集；
农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；
8．远洋捕捞。
（二）企业从事下列项目的所得，减半征收企业所得税：
茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；
2．海水养殖、内陆养殖。
企业从事国家限制和禁止发展的项目，不得享受本条规定的企业所得税优惠。
关于农业减免企业所得税的办理程序？办理流程及所需资料：
提出申请
所需资料：
减免备案表（3份）
书面申请报告
关于生产经营项目（种植产品目录）、经营状况、生产过程（生产过程最重要，要详细，写明生产周期）的描述和说明。
种植地的产权证明复印件(或租赁合同+出租方的产权证明复印件)。
种植地所在村委会或、居委会开具的自产自销证明。
特殊类种植还需资质或准许证等审批材料复印件。
附种植地照片。
公司3证复印件。
税务局受理。
税务局核查。
扩展资料：
企业所得税减免是指国家运用税收经济杠杆，为鼓励和扶持企业或某些特殊行业的发展而采取的一项灵活调节措施。企业所得税条例原则规定了两项减免税优惠，一是民族区域自治地方的企业需要照顾和鼓励的，经省级人民政府批准，可以实行定期减税或免税；二是法律、行政法规和国务院有关规定给予减税免税的企业，依照规定执行。对税制改革以前的所得税优惠政策中，属于政策性强，影响面大，有利于经济发展和维护社会安定的，经国务院同意，可以继续执行。
参考资料：百度百科-企业所得税减免
农产品免税备案网上申请流程登录电子税务局官网。
点击我要办税。
点击选择优惠。
点击选择--税收优惠日常点击办理。
根据界面提醒的，录入征收项目，税收优惠事项，申请优惠截止时间等等，录好信息后，点击提交。
免税农产品指的就是农产品生产者销售自己生产的农产品。
收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品;销售的外购的农业产品,以及单位和个人外购农业产品生产、加工后销售的属于注释所列的农业产品,则不属于免税范围,应当按照规定税率征收增值税。