如今随着支付业务市场份额的持续增长，第三方支付已逐步改变以往不收费的经营模式。
2009年1月1日起，国内知名支付品牌支付宝汇款开始实行收费，规定实名认证客户每月汇款金额超过5000元的额度之后，超出部分每笔收取汇款金额1.5%的手续费，其他支付平台也都陆续实行收费模式。
2010年6月，央行公布《非金融机构支付服务管理办法》，规定任何非金融机构要从事第三方支付业务，必须向央行申请取得《支付业务许可证》，并且规定了支付业务的收费项目和收费标准，要报所在地中国人民银行分支机构备案。
这也意味着第三方支付收费模式将日益成为行业运营的主流。
虽然目前第三方支付平台已逐步开始收费，但对其中所涉及的税收问题多数企业却没有足够的认识与准备。