在填写附加税申报表的时候，把异地预缴的附加税的金额填写在申报表的预交税额栏次，这样就可以抵减应交的附加税金额了。
比如应交附加税1000，在异地预交了附加税200，把200填写在预交税额栏次，按应补缴附加税就是800。
建筑业异地预缴税款最新规定建筑企业异地预缴增值税的，需要企业先在当地税务局或者电子税务局开具外经证，企业带上合同，外经证，营业执照等去到工程所在地的税务局进行预缴，现在也有很多地方不需要去到工程当地，只需要在电子税务局操作即可，预缴后的税额可以在企业申报时进行抵扣。
国家税务总局 关于纳税人异地预缴增值税有关城市维护建设税和教育费附加政策问题的通知》（财税〔2016〕74号）规定，纳税人跨地区提供建筑服务的，应在建筑服务发生地预缴增值税时，以预缴增值税税额为计税依据，并按预缴增值税所在地的城市维护建设税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城市维护建设税和教育费附加。
法律依据：《国家税务总局关于发布的公告》 第四条 纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，按照以下规定预缴税款：（一）一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2％的预征率计算应预缴税款。
（二）一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。
（三）小规模纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。
外地预缴的附加税可以抵扣吗一般来说对于异地有工程的施工企业或者劳务企业需要在异地进行税费的预缴，预缴的税金包括增值税及附加税，附加税按工程当地税率确认，企业预缴的附加税不能抵扣公司所在地附加税，公司所在地的附加税按本地实际缴纳的增值税对应的税率缴纳。