一般流程如下：
按发票缴销流程缴销空白税控发票。
按照防伪税控的缴销流程，授权修改时钟。
修改时钟后提前抄报当月增值税、注销发行税控设备。
地址变更，变更税务登记。
到迁入地税务机关办理，一般纳税人资格复核并重新发行，本月仍需按正常流程抄报税。
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《变更税务登记表》。
税务登记证及其副本。
《发票领用簿》及未验旧、未使用发票。
经营地点变动的相关证明资料原件及复印件。
基本规范：
根据纳税人报送的资料，制作《变更税务登记表》交纳税人签字确认，纳税人免予填写表单。
对结存发票进行验旧、缴销处理，录入相关信息，1个工作日内将相关资料信息转下一环节，按规定程序处理。
办税服务厅结清税款，缴销税务登记证及其副本，《发票领用簿》和其他税务证件。
迁入地税务机关办理迁入，通知纳税人申报办理税务登记。
上海跨区迁移发票怎么办向迁出地提出申请。
上海跨区迁移纳税人只需持《变更税务登记表》向迁出地主管税务机关提出申请，即可即时办结纳税申报、空白发票缴销、税控系统信息修改等全部涉税事项。
上海公司迁移(跨区工商局管辖地)，申请人应向迁入的登记主管机关申请办理迁入手续。
上海企业跨区迁移如何办理？首先是办理营业执照
公司开始办理迁移手续时已是六月份，而营业执照年检是在六月底结束，为了避免因手续不全新证未办成，而导致错过年检时间，所以公司决定在甲县工商局进行年检手续（即原来所属行政管辖区），年检过后，持年检过的营业执照到现迁入地工商局进行新证签发手续。
其次办理组织机构代码证
营业执照办好后，执新营业执照副本原件及复印件，法人身份证原件及复印件，原先的机构代码证正副本到原所属质检局（我们是把以上资料交到县行政服务中心）办理迁出手续，第二天从行政服务中心取回“全国组织机构代码迁址通知单”。新代码证办理时应带上新营业执照副本原件及复印件，法人身份证原件及复印件，经办人身份证原件及复印件和全国组织机构代码迁址通知单，公章，现金90元（办证工本费），打印好的委托书，或直接带一张空A4纸到现场填写，企业代码证基本信息登记表，到迁入地行政服务中心办理手续。营业执照上的工商局的公章必须复印清楚，身份证复印件也得复印清楚，太暗了不行，主要是这些资料要用于扫描上传。各种资料加盖公章时要问清楚所盖的位置（盖章位置有严格要求），我公司办理时是服务中心人员自己盖的，怕我们盖的不符合要求。营业执照复印件在空白处注明“与原件一致”，并签上经办人姓名。
以上资料整理完毕，交费后便可在5个工作日后取回新的机构代码证了。注意留下对方的联系电话，方便有事时查询证件办理情况。
税务——国税相关手续办理
先在迁入地国税局征管科开出一份纳税人跨区迁移审批表，去时注意带上原来的税务登记证。准备办理迁移时，当月应在抄报税结束后，如：7月份办理迁移手续的话，应先将6月份税款申报结清，7月不再开发票，带IC卡去大厅办理注销申请，先在迁出地税局申请授权修改金穗卡时钟，然后再回单位将开票系统时钟改为下个月的一号（也就是8月1日，注意本操作只能进行一次，如果进入系统没有修改好钟，下次修改必须重新进行制授权才行），改过时钟后直接再次抄税，抄的是七月份的税，抄税完毕后再到国税服务大厅进行注销金穗卡操作，注意，在金穗卡注销后要记得让工作人员将卡解锁，否则到迁入地国税局无法进行再次发行操作，涉及跨区，所以只有在原卡发行地进行解锁。然后把原来的国税登记证正副本及发票领购本缴销，再去征管科办理迁出手续，去时应带上迁入地国税局征管科出具的纳税人跨区迁移审批表一式两份或四份（其实两份足够了），等迁出地征管科核实企业已办理完所有手续后，出具纳税人迁移通知书一式两份，一份存档，一份交与企业，并在迁移审批表上签字盖章退回企业一份，企业持迁移通知书和迁移审批表到迁入地国税局征管科办理迁入手续。
带公章，领票人身份证复印件，专用发票开票，企业出具的购票证明，IC卡等相关资料到迁入地国税大厅办理新的税务登记证及重新发行金穗卡。企业网上申报用的电子钥匙因税号变更，也得到国税大厅办理变更手续，先和金穗公司服务人员联系好，持税务登记证副本复印件和电子钥匙到大厅办理。涉及公司网上扣税款的银行也要重新签定三方协议，因为税号已变，税款所入国库也发生了变化。涉及到变更的还有开具专用发票的发票专用章，应到指定地点重新刻章，只更改税号即可。
到此国税手续办理基本结束。
税务——地税相关手续办理
迁入地地税局办理新证所需资料：
营业执照副本复印件、组织机构代码证复印件、法人身份证复印件、公司章程、验资报告、土地证（没有土地证的持投资协议书）。