从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣; 2、进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣; 3、从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额; 4、取得农产品销售发票的，以农产品销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额; 5、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额; 6、农产品进项税额核定扣除，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》(财税〔2012〕38号)等文件规定，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额，而是根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额; 7、加计扣除。
营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工9%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。
农产品如何抵扣进项税农产品如何抵扣进项税?
购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为:进项税额=买价×扣除率买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。 购进农产品，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》抵扣进项税额的除外。 一般纳税人购进农产品抵扣进项税额存在如下5种情况: 1、从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。 2、进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。 3、购进农产品，按照取得的农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。 4、从农户收购农产品，按照收购单位自行开具农产品收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。 5、按照《财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》(财税〔2012〕38号)规定，生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油实行核定扣除。《国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第35号)明确了具体核定方法。 后续《财政部国家税务总局关于扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围的通知》(财税〔2013〕57号)规定，各地可根据实际情况自行扩大核定扣除范围。
购进农产品增值税抵扣怎么规定的购进农产品，除了取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书之外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价及9%额扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式为进项税额=买权价×扣除率。
政策依据：参考《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定，现在是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%
2019年4月1日起，增值税税率进一步调整，农产品适用税率调整为9%。纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率同步调整为9%。考虑到农产品深加工行业的特殊性，《财政部税务总局海关总署关于增值税改革有关政策的公告》（财政部、国家税务总局、海关总署公告2019年第39号，以下简称39号公告）规定，纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即对农产品深加工给予1%的加计扣除。