可以民事诉讼。离职员工不愿意配合作废个税汇算清缴属于违法行为，可以对其进行民事诉讼解决。
公司没有进行个税汇算清缴会怎么样
不进行所得税汇算清缴的纳税人,如税局发现企业所得税年度申报申报涉及补缴税款的情况,应自6月1日起按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金、
纳税人在年度中间发生解散、破产、撤销等终止生产经营情形,需进行企业所得税清算的,应在清算前报告主管税务机关,并自实际经营终止之日起60日内进行汇算清缴,结清应缴应退企业所得税款;纳税人有其他情形依法终止纳税义务的,应当自停止生产、经营之日起60日内,向主管税务机关办理当期企业所得税汇算清缴、
5月31日前,纳税人如发现企业所得税年度申报有误的,可以进行更正申报,涉及补缴税款的不加收滞纳金。