个人所得税扣缴义务人编码，与税务登记证号码不是一回事。
个人所得税系统 “扣缴义务人编码”与初始化文件名起始一串数字一致。
如果初始化文件名以“3403”起始，扣缴义务人编码请填写纳税人识别号；
如果初始化文件名以“0301” 起始，扣缴义务人编码请填写微机编码。
这个初始化文件编码，是纳税申报系统自动生成的。
3403为企业编码，有税务登记证的；
0301是非企业编码，是没有税务登记证的机关和团体。
税务登记证号是发证机关给出的一张税务"身份证"，按行业类别不同，有国税税务登记证和地税税务登记证，国税的税务登记证是有一定的规律的，比如3201，021361，60586， 320102是单位的的行政区划，1361，605，86是单位的组织机构代码证号。地方税务局在2001年以前与国税是同样的规律，自2001年以后地方税务局的登记证号就是由电脑自动按顺序生成的了。
扣缴义务人是指法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人。扣缴义务人既可以是各种类型的企业，也可以是机关、社会团体、民办非企业单位、部队、学校和其他单位，或者是个体工商户、个人合伙经营者和其他自然人。