税务机关的做法没有问题。根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十条规定：一般纳税人有下列情形之一者，应按销售额依增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：（一）会计核算不健全，或者不能提供准确税务资料的；（二）符合一般纳税人条件，但不申请办理一般纳税人认定手续的。显然你企业属于第二种情况，即销售额达到一般纳税人标准（工业年销100万；商业年销180万），不过在强制认定前应该通知你企业办理一般纳税人认定手续。抓紧与主管国税机关协调是否企业可以补办认定手续，前提财务核算要健全。
不知你企业从事什么行业，因为达到一般纳税人标准而不申请认定的企业大部分属于购进原材料（商品）无法取得增值税进项发票，认定一般人后税负较高。不过有些行业的一般纳税人可以按简易方法征收率6%或4%征收增值税的，这些行业基本上都是由于无法取得增值税进项发票。