第二套房契税税率是地方政府规定的，大多省份规定，家庭二套房90平米及以下契税税率为1%，90平米以上的契税税率为2%。家庭三套房及以上不论面积契税税率为3%。
《中华人民共和国契税暂行条例》
契税税率为3—5%。
契税的适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的幅度内按照本地区的实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。
契税的计税依据：
(一)国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖，为成交价格;
(二)土地使用权赠与、房屋赠与，由征收机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格核定;
(三)土地使用权交换、房屋交换，为所交换的土地使用权、房屋的价格的差额。
前款成交价格明显低于市场价格并且无正当理由的，或者所交换土地使用权、房屋的价格的差额明显不合理并且无正当理由的，由征收机关参照市场价格核定。