分公司可以独立开票。
分公司有增值税可以向税务局领购 增值税发票 ，总公司可以向分公司开具增值税发票。
总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
《中华人民共和国公司法》第十四条 公司可以设立分公司。
设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。
分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十五条 分公司是指公司在其住所以外设立的从事经营活动的机构。
分公司不具有企业法人资。
第四十六条 分公司的登记事项包括：名称、营业场所、负责人、经营范围。
分公司的名称应当符合国家有关规定。
分公司的经营范围不得超出公司的经营范围。
分公司可以独立开票吗分公司可以独立开发票的。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县（市）的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。
发票内容一般包括：票头、字轨号码、联次及用途、客户名称、银行开户账号、商（产）品名称或经营项目、计量单位、数量、单价、金额，以及大小写金额、经手人、单位印章、开票日期等。实行增值税的单位所使用的增值税专用发票还应有税种、税率、税额等内容。
专用发票既具有普通发票所具有的内涵。同时还具有比普通发票更特殊的作用。它不仅是记载商品销售额和增值税税额的财务收支凭证。而且是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，是购货方据以抵扣税款的法定凭证，对增值税的计算起着关键性作用。
分公司和总公司发票的处理方法：
如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。
如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的。
分公司可以独立开票吗分公司可以开独立发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。
你公司设立的分公司如果是一般纳税人，你们就可以互相开具增值税专业发票。
如果分公司是小规模纳税人，他只能给你开具普通发票，而且总公司不能抵扣；你也只能给他开具普通发票，在他那里不存在着抵扣问题。
但是小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。