补发十二个月工资扣税情况是不同的。工资高的，达到扣税标准扣税，工资低的没达到扣税标准不扣税，没有统一说法要扣多少。
根据有关规定,调资后补发以前数月的工资,可以分推到所属月份,与原来的月工资合并计算应缴个人所得税,扣除已缴纳的个人所得税,即为应该补缴的税款。
补发工资，应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用三千五百元后，依法计征个人所得税。
依据：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(2011年7月19日国务院令第600号)第八条第一款“工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。”
《中华人民共和国个人所得税法》(2011年6月30日主席令第48号)第六条第一款“工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。”
第九条第二款“工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。