新疆巴州土地增值税税率为3%。
根据国家税务总局发布的最新通知，2021年1月1日起，新疆巴州土地增值税税率为3%。
土地增值税是指在土地转让、出让、征收时，根据土地增值额计算的应纳税额，出售房屋等不属于涉及土地增值的情况不需要缴纳土地增值税，具体的纳税标准和规定，需要根据相关税收法律法规和政策予以具体解释和操作。
新疆维吾尔自治区实施《城镇土地使用税暂行条例》细则(2007修订)第一条 根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》（以下简称《条例》）的规定，结合自治区实际，制定本实施细则。第二条 自治区行政区域内城市、县城、建制镇、工矿区划分为七类地区，按照七个税额等级标准，征收城镇土地使用税。第三条 在征收城镇土地使用税的地区，使用土地的单位和个人为城镇土地使用税的纳税义务人（以下简称纳税人），均应当依照《条例》和本实施细则的规定缴纳城镇土地使用税。
前款所称单位，包括国有企业、集体企业、私营企业、股份制企业、外商投资企业、外国企业以及其他企业和事业单位、社会团体、国家机关、军队以及其他单位；所称个人，包括个体工商户以及其他个人。第四条 城镇土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，按规定的适用税额计算征收。第五条 地方税务机关应当按照下列规定，确定纳税人占用土地的面积：
一 单位和个人使用的土地，以土地使用证或者国土资源管理部门批准文件所载面积为准；超过批准土地面积和无批准文件或者未发放土地使用证的，以经核实的现有实际占用的土地面积为准；
二 属于两个以上单位的建筑物产权和庭院用地，以土地使用证或者国土资源管理部门批准文件所载面积为准；无批准文件或者未发放土地使用证的，以各自实际占用面积所占比例为准；
三 出租房屋的用地，以建筑物和建筑物周围庭院实际占用面积为准。第六条 自治区征收城镇土地使用税的适用税额幅度及标准，按照《新疆维吾尔自治区城镇土地使用税年税额幅度表》（附表）执行。
自治区人民政府在《条例》规定的税额幅度内，根据自治区经济发展状况，适时调整适用税额幅度。
新疆连体楼土地增值税如何缴纳按整体计算增值额进行缴纳。
新疆连体楼土地增值税的缴纳方法是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算各自的增值额，再计算土地增值税，纳税人到房地产所在地主管税务机关即可办理纳税申报。