法律主观：增值税专用发票的抵扣流程： 1、首先需要将税控盘插到电脑的主机上，登录到增值税综合服务平台，点击需要认证的月份； 2、勾选好发票的开票日期，点击查询； 3、勾选收到的纸质需要认证的发票，点击确定并提交； 4、提交之后选择申请统计，勾选认证成功； 5、最后进入电子税务局填写增值税申报表进行抵扣。
法律客观：《关于红字增值税发票开具有关问题的公告》第一条第一项增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称“专用发票”）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按以下方法处理：（一）购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统（以下简称“新系统”）中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》，详见附件），在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。
发票认证抵扣如何处理一般纳税人取得的专用发票需要认证抵扣的，流程如下
登录增值税发票选择确认平台，点击“发票勾选”
选择“未勾选”的选项和开票日期。点击“查询”。
所选的开票日期区间的所有未认证的发票均显示出来。
勾选所需认证的发票，点击“保存”后进行确定。
在确认勾选界面将刚才的发票查询出来。
点击确认，核对勾选的信息，无误后点提交。
确认结果提交完毕后，本次的勾选认证就成功了。
增值税专用发票认证抵扣流程增值税专用发票现阶段主要采用勾选认证的方式进行认证抵扣，其操作流程为
连接税盘，打开发票确认平台，输入密码（进入，选择发票勾选这里，后面输入月份，点击查询按键，这样没有认证过的发票都会出现。
对照自己手上的发票，点前面的框框就可以勾选，勾选完之后，点击保存，在保存成功的提示框，点击确定即可。
此时返回首页，点击确认勾选模块，选择“已勾选未确认”，在点击查询。
确认后会一次显示如下图所示的各种提示框，可以再根据显示核对一下发票张数和发票总金额，税额，核对无误之后就点击确认，若要在本月抵扣就选择未申报当月抵扣。
最后确认完后，可打印出这张表格，以及导出确认明细打印出来做为原始单据入账。