根据《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》有关规定，对符合“高新技术企业认定管理办法”认定条件的高新技术企业，可依照企业所得税法的规定，自2008年起申请享受税收优惠政策。高新技术企业优惠政策实施时间不长，优惠政策的审批需要多部门联合实施，一些问题和税收风险也逐渐在税收管理过程中出现。
审批程序不严谨，产生税务风险
按照《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号）对高新技术企业的审批程序的规定：企业按照认定管理办法规定向高新认定组织提出认定申请，由高新认定领导小组认定高新企业资格，企业获得资格认定后，到主管税务机关申请减免税优惠。主管税务机关一般采取前期备案，后期审核的工作方式。
围绕高新技术企业认定管理办法中的相关规定，企业需要同时符合管理办法中的相关条件，才能享受高新技术企业所得税优惠。但由于这些条件的审核，首先由高新技术企业资格认定小组认定，虽然认定小组也出具相关审核资料，但由于相关数据口径不统一，造成后期主管税务机关的审核与前期资格认定的内容不符。企业不符合管理办法中的相关条件，从而引起主管税务机关追缴企业前期享受的税收优惠。
由于高新资格认定条件量化不够严谨，弹性过大，考核口径不统一，主管税务机关审核部门对管理办法中的认定条件进行后期审核，由此会产生较大的争议，产生税收风险。
相关部门对认定条件和内容争议较大
一是核心自主的知识产权界定存在争议。
根据高新技术企业认定管理办法第十条第一款的规定：在中国境内（不含港、澳、台地区）注册的企业，近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。该条规定中明确，通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。该条款在实际工作中存在较大的争议。
一些企业的产品，存在多种技术并存的情况，而其中某些技术属于非独占许可。且这些非独占许可的技术在企业早期就已经存在。企业同一产品一直处于更新升级状态以适应市场的变化。这些变化的产生根源是企业技术和工艺的进步，这些技术和工艺也取得专利或非专利技术。那么对其主要产品核心技术如何界定，成为当前争议的焦点。
从时间判定，这些产品的基础技术产生于早期的非独占方式取得的“生产技术”，而后期持续进行的技术升级与前期的“基础技术”已经有了区别或根本性的区别。后期升级的技术也给企业产生了经济效益。那么这个核心技术是以哪个技术为主呢？在实际税收征管工作中，由于税务机关无法对核心技术准确定义，仅依据“高新企业认定小组”的批文作为享受税收优惠的依据。（评：税务机关对“技术”内容进行定义，是否越位行政？）在此情况下，容易产生理解上的差异，产生大的税收风险。
二是认定管理办法中，研发费内容与税务机关核定内容不统一，量化内容存在争议。
根据企业所得税法实施条例第九十三条和高新技术企业认定管理办法第十条，高新技术企业认定须同时满足多个条件。在这些条件中，企业研究开发费用占销售收入的比例不低于规定比例的条件是相对容易量化的指标，税务机关基本围绕这个指标内容的真实性判断开展审核。
按照高新技术企业认定管理办法的要求，企业一般都尽量按照比例要求，进行研发费的归集。企业为了达到规定标准，尽力将其他支出，在研究开发费用会计科目归集。这些归集的费用在满足高新技术企业认定管理办法条件比例的同时，按照企业所得税法规定，研究开发费用还可以在企业所得税前加计50%进行扣除（非高新企业也可享受）。所以对于高新技术企业来说，研发费加计扣除的审批与否，在一定程度上，也将直接影响着高新技术企业优惠政策能否顺利实现。
按照逻辑关系，企业研究开发费用的真实性是企业享受高新税收优惠的前提。税务机关未同意加计扣除，说明研发费扣除存在不符合相关规定的情况。如果税务机关的判定是正确的，这样的结果将直接影响企业研发费占收入总额的比例。
但当前的实际情况是，企业享受高新企业所得税优惠与部分研发费不能享受加计扣除税收优惠并存。之所以出现这样的矛盾，主要是在资格确认条件中，研发费的范围与加计扣除的研发费范围不一致，高新技术企业认定管理办法中的研究开发费用内容大于企业所得税法中可以加计扣除的研究开发费用的内容。大于加计扣除标准的研究开发费用部分，税务管理存在很大的难度，这点尚存在争议。由于研发费内容缺少量化的统一标准，高新企业后期税务管理也存在税收隐患。（评：两个不同口径的研发费用核算范围实在是有点认为增加执法难度了）
另外，企业研发费支出内容与企业产品常规性升级、设计等支出没有明确的界限，造成研发费内容过于宽泛。当前很多企业属于协作化生产企业，一般来说，先有订单，后有针对性的工艺升级和设计。在设计和改造过程中有些能够形成专利技术或非专利技术。但多数情况下是属于按照产品特性进行有针对性的工艺和设计，这是否属于研发费用也存在争议。
在对高新技术企业资格确认过程中，研发费范围应与企业所得税法的研发费内容相统一。税务机关对研发费相关内容的确认及加计扣除的审批程序，应作为高新技术企业资格的前置确认程序。这样才能使企业规避税收风险，使企业更完整地享受国家给予的税收优惠。
有税务风险的大企业有哪些有税务风险的大企业有无锡苏亚医疗美容医院有限公司、贸易公司等。
根据查询相关公开信息显示近日，苏宁环球发布公告，其控股子公司无锡苏亚医疗美容医院有限公司收到无锡市税务局第二稽查局出具的《税务行政处罚事项告知书》，税务处罚共计488万元。
稽查对象从税务稽查对象分类名录库和税务稽查异常对象名录库中随机抽取。
高新技术企业税务管理风险有哪些高新技术企业税务管理风险：
第一，高新资格认定和复审未通过无法继续享受税收优惠
《高新技术企业认定管理办法》和《工作指引》对高新技术企业在知识产权、高新技术领域、研发费用、高新收入、人员、研究开发组织管理水平、科技成果转化能力等方面均设置了严格的条件，随着主管机关在实践中对高新技术企业标准日趋严格，尤其是对企业在核心技术和自主研发方面的要求不断提高，企业在高新资格认定和复审过程中面临着很大的未通过的风险。
未通过税务备案的风险
由于税务机关对企业的实际情况颇为了解，其在企业申请减免税备案时，往往会根据企业申报备案提供的资料以及其多年来掌握的企业涉税情况，认真核实企业的各方面资质是否确实满足高新技术企业的要求。在税收任务日趋繁重的情况下，税务机关将在企业减免税备案方面加大审核力度，这客观上加大了企业税务备案的难度和不确定性，同时也加剧了企业未通过税务备案的风险。
第三，在有效期内高新检查的风险
2013年年初，科技部、财政部、国家税务总局联合下发《关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》，拟在全国范围内开展对高新技术企业认定管理工作的检查，相较于以往年度财政部、审计署等部门单独开展的针对某些区域的高新技术企业的专项检查、抽查工作，本次联合检查标志着主管机关在高新检查的检查方式、检查范围、检查力度等方面达到的新高度。在经济增速回落、市场需求不足、结构性减税等因素的影响下，上述文件的出台绝非偶然，在宏观经济没有明显的好转的情况下，未来几年高新检查的严峻趋势仍将持续。因此，尚处有效期内的高新技术企业面临的高新检查风险空前。
第四，高新资格被撤销需补缴税款的风险
由于相关规定对高新技术企业在诸多方面均设置了严格的条件，为享受高新技术企业的税收优惠，有的企业在申报过程中采取了一些变通的做法，甚至提供了部分不实资料。随着高新资格检查的力度增强，在后续频繁的检查过程中，上述不符合条件的企业将面临着很大的高新资格被撤销的风险。
如果企业的高新资格被撤销，以前年度享受的高新税收优惠都会被税务机关后续如数追回，此外还需缴纳相应的滞纳金。通常而言，企业累计享受的税收优惠数额加上每日万分之五的滞纳金，将是一笔非常可观的数目。因此，高新资格的后续维持对企业的持续经营而言至关重要，一旦企业的高新资格被撤销，将面临着后续在指定期限内补缴高额税款和滞纳金的风险。
第五，五年内不得申请高新，按25%税率纳税
根据《认定管理办法》的规定，被取消高新技术企业资格的企业，认定机构在5年内不再受理该企业的认定申请。对于盈利能力较强的科技企业而言，五年内不得申请高新是一笔巨大的经济损失，因而五年内不得申请高新亦是企业需要高度关注的风险之一。
第六，上市及拟上市公司的特别税务风险
高新资格对于上市公司的声誉、品牌、核心竞争力和业绩而言均具有特别的意义。通常而言，上市公司或其控股子公司通过高新资格认定或复审将构成重大利好消息，公司业绩预计将有较大幅度的增长，股价也随即将在多个交易日持续上涨。相反，上市公司如果发布重大补税公告，亦将给上市公司带来不可估量的损失，如深陷“伪高新门”的贝因美。