个体工商户税务登记证遗失了需要注销，建议先去主管税务机关咨询。一般的操作流程为，企业先登报把丢失的税务登记证声明都作废，然后再向税务局写申请，提供对应的资料去税务重新办理登记证。最后再按正常的注销流程对税务登记证进行注销。
税务登记证丢了怎么注销法律分析：税务登记证丢了注销有四个程序。1、到主管税务机关领取注销税务登记申请表并填写；2、将表送交到主管税务机关，并且提供相关的证件、证明和资料；3、原主管税务机关对纳税人已经提供的上述证件和资料核实无误以后，清理收缴纳税人的原税务登记证件正副本及其他的税收票证；4、结清纳税人的应纳税款、滞纳金和罚款，并把签注审核意见后的申请表退还一份给纳税人。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位(以下统称从事生产、经营的纳税人)自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法，由国务院规定。
从事生产、经营的纳税人，税务登记内容发生变化的，自工商行政管理机关办理变更登记之日起三十日内或者在向工商行政管理机关申请办理注销登记之前，持有关证件向税务机关申报办理变更或者注销税务登记。
纳税人按照国务院税务主管部门的规定使用税务登记证件。税务登记证件不得转借、涂改、损毁、买卖或者伪造。
税务登记证副本丢了怎么注销根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第20条 “纳税人遗失税务登记证件的，应当在15日内书面报告主管税务机关，并登报声明作废。”
税务登记证副本丢失涉及的处罚问题，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第60条，遗失税务登记证属于“未按照规定设置、保管账簿或者保管记账凭证和有关资料的；”可以处二千元以下的罚款，处理时可以与主管税务机关经办人协调。
纳税人遗失税务证件，需要补办时需要填制《税务证件挂失报告表》一份，并附送以下材料：
报账刊登遗失声明的版面原件、复印件各一份；
刊登遗失声明的报纸、杂志的报头或者刊头一份。