需要根据失控发票的产生原因具体分析，一般不存在补税和退税款的问题。按《关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号文）规定：失控发票，暂时不得抵扣，移交稽查处理。如果是税务机关的原因造成的，可以抵扣；否则不能用于抵扣。《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》（国税函〔2008〕607号）明确：如果开票方已经申报并纳税，受票方可以抵扣。程序上要求，开票方主管税务机关出一个已缴税的证明。
系统认定为失控发票时，暂停抵扣，等待稽查。不存在“补税”和“滞纳金”的问题。
如果是税务机关原因导致的失控，或者是因为开票方走逃但走逃前此票已经纳税，则查明之后，可以抵扣。纳税人应该关注税务机关查处的进度。
最后，在不构成虚开的前提下，开票方走逃，是开票方的责任。如果开票方最终落网，不论走行政处理渠道还是刑事处理渠道，则补税后，收票方也可以抵扣。收票方如果不知道对方被补了税，或者不知道可以抵扣，也就吃亏了。