针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：一、购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。
例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
（1）如直接销售，抵扣进项税＝10000×9%＝900元，该批水果成本=10000-900=9100元；（2）如进一步加工13%的产品，抵扣进项税＝10000×10%＝1000元，该批水果成本=10000-1000=9000元。
取得一般纳税人开具9%专票或海关9%进口缴款书，一般情况凭票抵扣9% ，深加工13%产品计算抵扣10%。
例2：从水果经销商（一般纳税人）处购入水果一批，取得增值税专用发票注明价款 10000 元，增值税 900 元。
（1）如直接销售，抵扣进项税＝10000×9%＝900元，就是票面注明的税额 ；该批水果成本=票面的不含税金额10000元；（2）如进一步加工13%的产品，抵扣进项税＝10000×10%＝1000元 ，该批水果成本=价税合计金额10900-进项税额1000=9900元。
取得简易计税小规模纳税人开具3%专票计算抵扣9%（发票不含税金额×9%），深加工13%产品计算抵扣10%。
例3：从水果经销商（小规模纳税人）处购入水果一批，取得增值税专用发票注明价款 10000 元，增值税 300 元。
（1）如直接销售，抵扣进项税＝10000×9%＝900元 ，该批水果成本=价税合计金额10300-进项税额900=9400元；（2）如一步加工13%的产品，抵扣进项税＝10000×10%＝1000元，该批水果成本=价税合计金额10300-进项税额1000=9300元；（3）如取得的是增值税普通发票，则不允许抵扣进项税，该批水果成本=价税合计金额10300元。
从批发零售环节购进免税蔬菜、部分鲜活肉蛋取得普通发票不得抵扣进项。
（因为本身免税了，只能开普票，进项自然也不能抵扣）。
法律依据《增值税暂行条例》第八条规定，纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式：进项税额＝买价×扣除率（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式：进项税额＝运输费用金额×扣除率准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税（2008）第081号）规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
农副产品购进时,不含税价怎么算农产品不含税价格=（进项税额-其他进项税额）/13%。
购进免税农产品怎么计算进项税额您好，农产品是免税购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率（根据财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号，农产品扣除率更新为9%）计算进项税额；计算公式为：进项税额=买价×扣除率。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条 纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。