海关进口增值税专用缴款书是增值税抵扣凭证之一，实行“先比对后抵扣”的管理办法，增值税一般纳税人进口货物取得海关缴款书，需要申报税务机关稽核比对相符后，缴款书上的增值税额才可以抵扣。
海关进口增值税专用缴款书如何抵扣？具体流程如下：一、先下载“通用税务数据采集软件”使用现行“通用税务数据采集软件”采集我们要抵扣的海关进口增值税专用缴款书，二、数据采集1.打开下载的软件系统，点击“海关完税凭证抵扣清单”→“新增报表”;2.输入所属区间。
点击“新增”，录入需采集的海关缴款书信息。
包括专用缴款书号码、进口口岸代码、进口口岸名称、填发日期、税款金额这五项，一定要准确无误，信息一致，否则会稽核不通过。
录入完毕并检查无误后，将数据导出。
上传数据导出数据之后，登陆当地市电子税务局，进入“我要查询--稽核结果查询—海关完税专用缴款书”窗口，把数据上传至主管税务机关进行稽核比对，每月可报送多次。
注意在上传时选择后缀为JK的文件。
上传完毕后还要在“海关专用缴款书数据上传状态查询”模块查看数据是否上传成功。
如果显示信息“接收成功”就说明上传完成，然后等待稽核结果就可以了。
税务机关会按照每个月为一个稽核期，对海关缴款书数据进行稽核比对。
下载确认税务机关会于每月纳税申报期内提供上月《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》。
我们可以查询稽核比对结果信息，每月只能确认一次，一旦确认，不可更改。
确认《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》后，就可以进行“海关专用缴款书稽核结果通知书打印”或“海关专用缴款书稽核结果通知书明细查询”六、填写增值税纳税申报表分为两种情况，一种是已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的，需要填列《增值税纳税申报表》(一般纳税人适用)附表二“待抵扣进项税额”中的“海关进口增值税专用缴款书”栏，将海关缴款书上的进项税额填入即可。
另一种情况是稽核结果通知书中稽核结果为相符的，将海关缴款书份数、税额填写在《增值税纳税申报表》附表二第5栏。
海关进口增值税可以抵扣吗法律分析：是可以的。
纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，不论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证。
海关进口增值税专用缴款书，需要在海关完税凭证抵扣清单采集软件中认证；软件安装后，认证时，在电子报税里录入导出后，上传即可；海关进口增值税认证抵扣采集系统可从二个地方下载；1、国家税务总局网站——下载服务中心——软件下载——海关完税凭证抵扣清单采集软件下载；2、网上申报——登陆——软件下载——海关完税凭证抵扣清单采集软件下载。
一般贸易进行的货物在进口环节海关已代征缴纳的增值税可以申报抵扣。
海关进口增值税的申报抵扣，签订合同后应向主管税务机关备案，取得海关完税凭证后即可申报抵扣，但最迟不得超过180天。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执。
单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
凭海关完税凭证抵扣进项税额应注意的问题（一）进口货物的进项税额要求：
1．自营或委托进口货物取得的《海关代征增值税专用缴款书》，其海关代征进口环节增值税必须通过银行付款后加盖“转账”印章才能抵扣进项税额。
2．对海关代征进口环节增值税开具的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即，既有代理进口单名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单把会计从业站点加入收藏夹位抵扣税款。
（二）申报抵扣时须提供的凭证或资料：
1．自营进口或委托代理进口货物，须提供《海关代征增值税专用缴款书》第一联的复印件及进口货物报关单、进口货物提单、外汇汇款申请书、进口合同、委托代理合同、外汇结算付款凭证等复印件。
2．从2002年2月1日起，有自营进出口业务的商贸企业须报送对外贸易经济合作部门关于赋予其进出口经营全的批准文件复印件，否则其取得的海关增值税完税凭证不得作为增值税扣税凭证。
3．有自营进出口业务或委托代理进口业务的商贸企业，须在签定进口合同后5日内报送合同把会计从业站点加入收藏夹复印件。未按期报送的，其相关的进口货物海关增值税完税凭证不得作为扣税凭证抵扣进项税额。
4．从拍卖行购进海关缉私罚没货物，须提供《海关缉私补税专用缴款书》第一联的复印件（如有多家企业拍得这批货物，则《海关缉私补税专用缴款书》的备注栏应列明该企业所拍得的货物数量、完税价格、税款）、海关的委托拍卖合同、与拍卖行签订的购销合同、付款结算凭证。