我理解题主问的是营业税的问题。营改增以后，增值税自行可以进行进项抵扣，总包方和分包方各自就本方增值的部分纳税，所以不会存在抵不抵的问题。
总包方是可以抵扣分包金额已缴的营业税的，即总包方按分包后的合同余额缴纳营业税。总包方会向客户开一张总包票，分包方向总包方开具分包发票，凭着总包发票和分包发票，总包方按总包金额缴纳（和代缴）营业税，税额按（总包-分包）、分包金额在总包方和分包方之间进行分配。所有这些都是在同一税务局代开发票进行的。由于建安工程是目前唯一一个需要在劳务发生地缴纳营业税的行业，因此，必须注意：整个过程中需要总包、分包合同，总包方和分包方需要密切的配合；总包方和分包方均在同一劳务发生地税务局缴纳税款；总包合同和分包合同的用词（wording）需要好好斟酌审核。营改增的步伐很快，估计这种总包分包抵扣营业税的方法最多只持续一年了。